전라남도 해남군 황산면 우항리 일대의 발자국 화석은 1990년 전승수의 박사 학위 논문으로 처음 알려졌다. 이후 1992년 손진담 외 5인의 조사를 통해 공룡 발자국이 주1 이를 토대로 전남대학교 허민 교수 연구팀이 1997년 7월 12일~1998년 2월 11일에 발굴 조사를 실시하였다. 발굴 조사는 2개 구역으로 나누어 진행되었으며, 그 결과 공룡 발자국 514점과 익룡 발자국 443점, 새 발자국 화석 약 1,000여 점, 그리고 절지동물 보행렬과 개형충, 규화목 화석 등이 주2 이후 발굴 조사의 성과를 바탕으로 1998년 10월 17일에 천연기념물로 지정되었다. 지정 면적은 122만 8,439.2㎡이다.
2001년에 해남 우항리 공룡 · 익룡 · 새발자국 화석산지를 보호하기 위한 보호각을 건립하였고, 2002년에는 문화재청 현, [국가유산청]에서 유네스코세계자연유산 잠정 목록으로 선정하였다. 2006년 공룡 화석 자연사 유적지 조성 사업을 완공한 이후, 2007년에 해남공룡박물관을 개관하였다.
해남 우항리 공룡 · 익룡 · 새발자국 화석산지에서 발견된 익룡 발자국은 아시아에서 최초로 발견된 익룡 주3 해남이크너스 우항리엔시스(Haenamichnus Uhangriensis)로 명명된 익룡 발자국은 세계에서 가장 큰 익룡 주4 새 발자국 화석으로는 물갈퀴가 있는 새 발자국 화석 2종이 발견되었는데, 우항리이크너스 전아이(Uhangrichnus Chuni)와 황산리페스 조아이(Hwangsanripes Choughi)로 주5
발굴된 공룡 발자국 화석 중에 발자국 내부에 별 모양으로 갈라진 흔적이 남아 있는 반구 모양의 깊게 찍힌 발자국은 해석의 논쟁이 있었다. 초기에는 이 발자국이 둥근 형태를 보였기 때문에 목 긴 초식 공룡[용각류]의 앞 발자국으로 생각하였다. 목 긴 초식 공룡이 물속에서 수영할 때, 엉덩이 부분은 물에 뜬 채 앞발만으로 호수 바닥을 걸으며 남긴 발자국이라는 ‘용각류 수영 가설’로 주6 이후에는 이족 보행 초식 공룡이 걸어가면서 남긴 발자국의 하흔(下痕)[Under Track]으로 주7 화석 산지의 절지동물 보행렬은 리소그라푸스 히에로그리피쿠스(Lithgraphus Hieroglypicchus)로 주8 잠자리 유충의 보행렬로 주9
해남 우항리 공룡 · 익룡 · 새발자국 화석산지는 중생대 후기인 백악기 시기에 형성된 우항리층이 분포하는 곳으로, 아시아에서 처음으로 익룡 발자국이 발견된 곳이다. 이로 인해 우리나라 익룡 발자국에 대한 연구가 시작되었다. 익룡 발자국의 길이는 20㎝~35㎝이며, 발자국 길이를 근거로 날개 길이가 약 12m에 이르는 대형 익룡의 것이라고 추정한다. 공룡 발자국과 함께 익룡 발자국, 새 발자국 화석, 그리고 절지동물의 보행렬이 함께 발견되어, 후기 백악기의 공룡 생태계를 생생하게 보여 주고 있다.