고려시대 동·서대비원(東西大悲院)의 후신이다. 1392년(태조 1) 관제개혁 때는 고려의 제도를 그대로 따랐으나, 1414년(태종 14) 동·서활인원으로 개칭하였고, 다시 1466년(세조 12) 관제개정 때 활인서로 확정하였다.
그러나 동서의 제도는 계속되어 동활인서는 도성의 동쪽(동소문 밖)에, 서활인서는 도성의 서쪽(서소문 밖)에 그대로 나누어 설치하였다. 관원으로는 제조(提調 : 종2품) 1인, 별제(別提) 4인(뒤에 2인), 참봉 2인이 있었고, 서원(書員) 2인, 고직(庫直) 1인, 사령 5인, 구종(驅從) 1인 등의 이속이 있었다.
그 밖에 한의원과 의무(醫巫), 그리고 간사승(幹事僧 : 구휼자의 환난 극복을 비는 승)·매골승(埋骨僧 : 장례 때 명복을 비는 임무를 맡은 승) 등이 배치되어 실제적인 구료사업에 참여하였다.
주된 업무는 도성 내의 병자를 구료하는 일이었지만, 때로는 도성 내의 무의탁자를 수용하는 등 진휼사업도 하였으며 사망자를 매장해주는 일도 맡았다. 업무수행 과정은 병자의 많고 적음을 고직이 본원에 보고하면, 본원은 매월 1일과 15일에 다시 한성부에 보고하는 순서로 진행되었다.
병자에게 필요한 약물은 예조에 보고하여, 예조 소속의 양의사(兩醫司)로부터 보급받았다. 조선 후기의 경우 대개의 재원이 균역청으로부터 조달된 것으로 보인다.