대한불교조계종 제7교구 본사인 수덕사의 말사이다.
사찰에서는 222년(구수왕 9)에 흥인조사(興仁祖師)가 창건한 절이라고 한다. 그러나 이와 같은 창건설은 백제에 불교가 들어오기 160여 년 전에 이미 흥주사가 창건되었음을 시사하는 것으로 신빙성이 없다. 현존하는 가람의 배치나 건축구조, 유물 · 유적 등을 통해서 볼 때 이 절의 창건은 고려시대로 추정된다. 그러나 창건 이후 현재까지의 역사는 전래되지 않고 있다.
현존하는 당우로는 대웅전과 만세루(萬歲樓) · 요사채 등이 있다. 만세루는 조선시대 후기에 중건된 누각으로서 1990년 충청남도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었는데, 한시(漢詩)가 적혀 있는 현판이 있다. 또, 대웅전 앞에는 3층 석탑이 1기가 있으나 파손된 것을 복원한 것인데, 1973년 충청남도 유형문화재로 지정되었다. 흥주사 아미타후불탱화는 1861년(철종 12)에 조성한 것으로서 지금은 수덕사 성보박물관에 전시되어 있다. 절 앞에는 수령 500여 년, 가슴높이둘레가 9m인 은행나무(충청남도 기념물, 2001년 지정)가 있다.