1946년 9월 24일 남원초급중학교로 6학급의 설립 인가를 받았다. 그 후, 1946년 11월 22일쌍교리 가교사에서 개교하였다. 1951년 8월 31일 학제 개편으로 인해 기존 6학급에서 12학급의 인가를 받아 증설되었다. 같은 해, 9월 11일하정리 가교사로 교사를 이전하였으며, 1957년 4월 10일 향교동 만인길 45(640)번지의 현교사로 이전하였다. 1974년 1월 23일 24학급 증설 인가를 받았다. 2009년 3월 1일 제27대 우제철 교장이 부임하여 현재 재직 중이다.
남원중학교는 60여년의 역사를 자랑하는 남원지역의 대표적인 공립중학교이다. 생활목표로서 첫째, “착한 마음으로 행하자”, 둘째, “스스로 배우고 익히자”, 셋째, “몸을 튼튼히 하자”를 실현하기 위하여 노력을 기울이고 있다. 교육지표는 고운 심성과 성실한 자세로 꿈과 희망을 키우는 학생, 교육애와 자긍심을 가지고 사랑과 정성으로 가르치는 교원, 학교 구성원이 모두 만족하는 즐겁고 행복한 학교이다.
교훈은 ‘고운 심성과 성실한 자세로 꿈과 희망을 키우는 남원인’이다. 학교를 상징하는 교목은 ‘소나무’이고, 교화는 ‘자목련’이다.
2007년과 2008년에 연구학교로 지정된 바 있으며, 노력중점 사업으로 독서 생활화 운동을 통한 인간 육성과, 전북 이 · 스쿨(e · school) 활용을 통한 자기주도적 학습능력 신장을 위해 노력하고 있다.
2007년 3월 12일 학교폭력 추방을 다짐하는 학생들의 선서를 시작으로 교내 음악 방송을 활용한 심미적 정서 함양과 “예바남(예절 바른 남중인)” 실천 덕목을 통한 바른 인성 함양이 추진되었다. 또한, 남원중학교는 학력신장을 위해 다양한 시책을 시행하고 있는데, 2007년에 ‘지구계 교육’을 주제로 하는 과학교육 연구(시범)학교 운영, 자연과 하나되는 생태교육으로 들꽃마당 조성, 천체관측동아리, 호모 파베르 창의 공작실 운영 등은 그러한 노력의 단면들이다.
2010년 현재 24학급으로, 824명이 재학 중이다. 또한, 교원 43명, 일반직 14명이 재직 중이다. 2010년 2월 5일 제63회 졸업식을 실시하여 270명의 졸업생을 배출하였고, 지금까지 누적된 총 졸업생 수는 18,548명에 이른다.