1946년 11월 20일 공립고흥초급중학교로 인가를 받아 개교하였다. 1951년 4월 1일 고흥중학교로 교명을 변경하였다가 같은해 10월 5일 고흥농업고등학교로 다시 학교명칭을 바꾸었다. 이후 1980년 1월 11일 고흥중학교와 고흥농업고등학교로 분리되었다. 1993년 3월 1일 고흥실업고등학교로 교명을 바꾸었다가, 2010년 3월 1일 고흥산업과학고등학교로 교명이 변경되었다.
교훈은 ‘성실·창조·봉사’이며 교목은 소나무(늠름한 기상), 교화는 동백(불굴의 의지), 교색은 녹색(안정·평화)이다. 교육목표로 ‘애국인, 실력인, 능력인, 기능인, 건강인’을 지향한다. 노력중점으로 ‘상용한자 익히기, 1인 다자격증 취득’을 실시하고 있다.
특색교육으로는 ‘e·nie 활용교육(인터넷과 신문뉴스 활용 교육)과 등룡인 성공 아카데미’(인성교육으로서 민주시민 자질 교육)를 시행하고 있다. 특히 ‘등룡인 성공 아카데미’는 다양한 분야의 강사를 초빙하여 개인의 잠재능력을 최대한 신장하고 사회발전에 참여하는 능력을 개발하고자 노력하고 있다.
체육활동으로는 2004년 여자 볼링부를 창설하여 2008년에는 전국체전 2인조 우승을 2009년에는 전국체전 개인전 우승을 차지하기도 하였다.
2010년 5월 현재 총 18개 학급을 갖추고 있고, 341명의 재학생이 공부하고 있으며, 36명의 교원이 재직 중에 있다. 2010년 2월 12일에 제57회 졸업식을 거행하여 93명의 졸업생을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업생 수는 총 9,571명에 이른다.