1947년 4월 21일 목포제일중학교 설립 인가를 받았으며, 1949년 9월 1일 목포상업고등학교 병설중학교로 개교하였다. 이후 1971년 3월 1일 목포제일중학교로 분리하였으며, 1979년 3월 4일목포시 용해동 170·5번지에 위치한 현 교사로 이전하였다. 2008년 9월 1일 제21대 박찬주 교장이 부임하여 오늘에 이르고 있다.
교훈은 ‘성실’이며 교목은 동백나무(청결·긍지를 상징), 교화는 동백(정열·고결을 상징), 교색은 백색(순결·영원을 상징)이다. 교육목표로 ‘애국인, 실력인, 창의인, 덕성인, 건강인’ 양성을 지향한다. 노력중점 사항은 ‘독서·논술·토론의 생활화, 의사소통 중심의 영어교육 강화’이다.
특색교육으로는 ‘숨은 재능 발굴 및 계발, 축구부 육성 및 관악부 운영’을 추진하고 있다. 특히 축구부는 제33회 전남학생종합 체육대회 우승을 차지하는 등의 실적을 거두었다. 한편으로 관악부 운영을 통해 여러 가지 악기 연주 활동을 통한 지역 예술문화 발전에 기여할 수 있는 인재를 길러내고 있다.
2010년 2월 10일 현재 총 25개 학급을 갖추고 있고, 857명의 학생이 재학하고 있으며, 43명의 교원이 재학 중이다. 2010년 2월 11일 제59회 졸업식을 거행하여 졸업생 280명을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업자 수는 총 20,413명에 달한다.