1946년 7월 1일에 3학급 이원농업중학교로 설립이 인가되어, 같은 해 10월 20일에 개교하였다. 1952년 3월 5일에 이원중학교로 명칭을 변경하였고, 1956년 10월 20일에 현 위치로 이전하였다. 1968년 5월 19일에 강당을 72평으로 신축하였고, 1975년 12월 30일에 본관 20개 교실을 완공하였다. 1977년 12월 20일에 부속 교사 4교실을 완공하였고, 1998년 11월 13일에 본관 18개 교실을 신축하였다. 2006년 10월 2일에 도서실 및 역사관을 리모델링하였고, 2007년 4월 28일에 다목적 교실 이중관을 완공하였다.
교육의 기본 방향은 ‘꿈과 보람의 열린 학교, 쾌적한 선진 학교, 인간미 넘치는 사랑의 학교’이다. 교육 목표는 ‘도덕인·자율인·창의인·지성인·건강인’이다. 교훈(校訓)은 “부지런하고 예의바르며 창의적인 능력을 발휘하는 학생”이고, 교목(校木)은 ‘은행나무’이며, 교화(校花)는 ‘목련’이다.
2010년 3월 2일 현재 1∼3학년이 공히 1학급이고 특수학급 1학급이 있어, 총 4학급이다. 재학생 수는 남학생 48명, 여학생 48명으로, 총 96명이며 교원은 총 19명이다. 2010년 2월 11일에 제62회 졸업식을 거행하여 모두 36명의 졸업생을 배출하였으며, 지금까지 누적된 졸업생은 총 10,416명에 달한다.