1994년 11월 18일 인천연일학교 설립인가를 받았다. 1997년 3월 1일 초대 한옥분 교장이 취임하였으며, 1997년 3월 5일 시설 2학급, 유·초·중·고 총 22학급 223명으로 입학식이 시행되었다. 1999년 10월 1일 치과보건소가 개소되었다. 2008년 12월 9일 연일 갤러리 및 전자도서관(지혜의 샘)을 개관하였다.
2009년 3월 1일 5대 박인호 교장이 부임하였고, 2005년 9월 9일 전공과 2학급을 설치하도록 인가 받았다. 2008년 12월 9일 연일 갤러리 및 전자도서관(지혜의 샘)을 개관하였고, 2009년 3월 1일 5대 박인호 교장이 부임하였다.
“질서를 지키고 서로 돕는 사람(도덕인), 몸과 마음이 건강한 사람(건강인), 자기 능력과 소질을 키우는 사람(기능인), 자기 일을 스스로 하는 사람(자활인), 이웃과 함께 어울려 살아가는 사람(사회인)”을 교육목표로 하고 있으며, 교화로는 개나리로 이는 희망과 근기 그리고 명랑함을 상징하고 있기 때문이다. 교목은 참나무인데 이는 순결과 깨끗한 마음 그리고 번영을 뜻한다.
방과 후 학교 운영은 상반기, 하반기 강좌 수는 각각 21강좌이며 전교생이 참여하고 있다. 급식은 직영으로 운영하며 지원 대상은 전교생이다. 정신지체 특수학교이나 전공영역에서의 모집 대상은 장애영역을 구분하지 않고 있다. 특히 신체표현을 통한 1인 1운동능력 향상을 학교 특색사업으로 그리고 학교 중점사업으로는 개인별교육강화와 직업교육 강화를 통한 사회적응능력 신장에 두고 있다.
2010년 4월 현재 33학급(유치 1학급, 초등학교 10학급, 중학교 9학급, 고등학교 10학급, 전공과 3학급)으로 편성되어 있으며, 234명의 재학생과 58명(기간제 교사 4명 포함)의 교사로 구성되어 있다.