새 시대에 적응할 새 교육을 실시하여 한민족의 도의적 향훈을 장구하게 유지 발전시킨다는 취지하에 설립되었다.
1907년 11월 2일 박헌정, 이동선 등 7인이 기호흥학회를 결성하여 사립 경성장훈학교를 개교하였다. 1950년 4월 재단법인 장훈학원 설립을 인가받았다. 한국전쟁 후 폐교 위기에 몰렸으나 1954년 박헌정의 손자인 박병배의 사재로 교사를 신축하고 1955년 1월 장훈중학교 설립을 인가받았다. 1962년 11월 현 교지를 매입하여 이전하였다. 1964년 1월 장훈고등학교 6학급을 인가받았다. 1964년 11월 학교법인 장훈학원으로 변경했다. 1967년 제1회 졸업생 44명을 배출하였다. 1970년 2월 2부(일반계) 3학급 설립을 인가받았고, 1972년 12월 1부 15학급, 2부 9학급 증설을 인가받았으며, 1973년 11월 2부 6학급 증설을 인가받았다. 1997년 10월 2부 상업계 주간 정보처리과로 단일화, 학년별로 인문과(남자) 9학급, 정보처리과(여자) 4학급, 총 39학급을 인가받았다. 2002년 11월 22일 축구부를 창단하였다.
교훈은 ‘감은(感恩), 극기(克己), 봉사(奉仕)’이며 교화는 장미, 교목은 은행나무이다. 매년 특별활동 종합발표회인 장훈제가 열린다. 2001년 6월 1일 국내 최초 포탈싸이트 구축 툴 커뮤니티 웹진 설치 리눅스서버(디지털학교 신문) 웹스쿨을 운영·개시하였다. 본교가 자랑하는 축구부는 전국 규모 대회에서 상위권에 입상을 하는 등 좋은 성적을 거두고 있다.
2010년 5월 현재 36학급을 갖추고 있고, 교직원 81명이 재직 중이며, 학생 1,258명이 재학 중이다. 2010년 2월 9일에 제44회 졸업식을 거행하여 졸업생 377명(인문 276명, 실업 101명)을 배출하였으며, 지금까지 누적된 총 졸업생 수는 31,345명이다.