1998년부터 설립 · 추진되어 현재 전국적으로 대안교육 특성화중학교 8개 학교, 국제교육 특성화중학교 2개 학교, 예술교육 특성화 중학교 4개 학교가 지정 · 운영되고 있다.
1980년대의 경제적 풍요, 학교 자율화 바람, 대중문화의 확산 등으로 학생들은 점차 자유분방한 학교문화를 갈구하였으나, 대규모 획일적 교육을 특징으로 하는 학교의 변화는 느리기만 하였다. 이에 새로운 교육을 추구하는 학생과 학부모들은 독자적으로 자신들이 원하는 교육을 다양한 형태로 실행하기 시작하였으며, 일부는 기존의 학교교육을 대체할 수 있는 대안학교 형태로 운영하기도 하였다.
한편 학교교육체제의 중도 탈락자 문제로 고민하던 정부당국은 1998년 학교 부적응 학생에 적합한 새로운 학교의 설립 · 운영을 제도화하는 조치를 취하였는데, 이것이 바로 특성화중학교이다. 그리고 이러한 특성화중학교 제도가 도입되면서 그동안 독자적으로 발전해 오던 일부 대안학교들이 특성화중학교라는 제도적 틀 안으로 편입되기도 하였다.
특성화중학교는 「초 · 중등교육법」과 그 시행령에 의해 교육감이 지정 · 고시하도록 하고 있다. 중학교 의무교육의 시행으로 인해 일반 중학교는 추첨으로 학생들을 배정받게 되었지만, 특성화중학교는 학생의 지원과 학교당국의 기준에 의한 학생선발이 가능하도록 하였다. 다만 입시경쟁의 과열을 우려하여 필기시험에 의한 선발은 금지하고 있다. 현재 특성화중학교는 대안교육 성격의 학교와 국제 인재 양성을 목표로 하는 국제중학교 형태로 나누어져 있다.
대안교육 특성화중학교는 모두 사립학교이며, 기존의 일반 중학교에 비하여 소규모 학교로 운영되고 있다. 학교마다 나름대로 특색이 있지만, 대체로 이들 학교가 중시하는 특성화 교육의 내용은 인성교육, 노작교육, 실생활교육, 환경교육, 사회참여교육 등이다.
2006년 11월 현재 국제 특성화중학교는 부산국제중학교와 청심국제중학교 두 곳이 있다. 부산국제중학교는 1998년에 개교하였으며, 1999년도부터 특성화중학교로 지정되어 운영되고 있다. 국제화 · 정보화 시대를 선도할 인문 · 사회계열의 유능한 인재 양성과 해외 귀국자 및 외국인 자녀에게 필요한 교육여건과 기회를 제공하는 것을 교육목적으로 하고 있다. 부산국제중학교는 부산시의 재원으로 운영되는 공립학교이기 때문에 부산 거주자에 한해서만 지원이 가능하다.
청심국제중학교는 2005년에 설립인가를 얻어 2006년에 경기도 가평에 문을 연 국제중학교이다. 사립재단에 의해 운영되고 있으며, 전국적으로 학생들을 선발한다. 청심국제중학교는 기숙사제도를 운영하고 있으며, 이타적 품성교육, 창의적 지식교육, 국제적 품성교육을 지향하고 있다.
이들 국제중학교는 영어수업, 선발방식, 과열 입학경쟁 등과 관련하여 사회적 논란을 불러일으키고 있다. 일부 사립재단에서 서울에 국제중학교 설립인가를 신청하였으나, 입시경쟁이 과열되고 사교육 부담이 증가될 우려가 있다는 논란 속에 영훈중학교와 대원중학교가 2008년 10월에 국제 특성화중학교로 지정되었다.
경기도의 헌산중학교, 두레자연중학교, 이우중학교, 한겨레중학교, 중앙기독중학교, 전북특별자치도의 지평선중학교, 전라남도의 성지송학중학교, 용정중학교 및 청심국제중학교, 부산국제중학교, 영훈중학교와 대원중학교 등 12개 학교가 있다. 이중 국제중학교는 영어수업, 선발방식, 과열 입학경쟁 등과 관련하여 사회적 논란을 불러일으키고 있는데, 이를 해소할 수 있는 방안을 찾아야 할 것이다.