전자정부(electronic government)라는 개념은 1993년 미국의 클린턴 행정부에서 사용되기 시작했다. 우리나라에서는 1996년 「정보화촉진기본계획」이 확정되면서 기존의 행정정보화 개념은 퇴색하고 전자정부라는 개념이 공식화되기 시작했다. 그 후 전자정부의 구축을 위한 다양한 정책이 마련되었지만, 각 정부부처가 개별적으로 사업을 추진하는 한계를 보이고 있었다.
전자정부특별위원회는 개별 부처 중심의 정보화 추진에 따른 조정력 약화를 극복하고 민간부문의 의견을 적극 수렴하기 위해 2001년 1월 30일에 설립되었다. 전자정부특별원회는 2년 기한의 한시적 기구로 운영되었으며, 정부혁신추진위원회 산하 민관합동 위원회의 성격을 띠고 있었다. 전자정부특별위원회는 20인 이내의 민간위원 및 정부위원으로 구성되었고, 위원장은 민간위원이 담당했으며, 한국전산원(현 한국정보화진흥원)이 실무지원단 역할을 맡았다. 2001년 3월에는 「전자정부 구현을 위한 행정업무 등의 전자화 촉진에 관한 법률」(일명 전자정부법)이 제정되기도 했다.
전자정부특별위원회는 발족 당시 7명의 민간위원과 7명의 정부위원으로 구성되었는데, 정부위원으로는 재정경제부 차관, 교육인적자원부 차관, 행정자치부 차관, 정보통신부 차관, 기획예산처 차관, 국무조정실 경제조정관, 대통령 비서실 정책비서관(간사) 등이 포함되었다.
전자정부특별위원회는 전자정부 추진 원칙으로 ① 2002년까지 우선 추진해야 할 과제 선정 및 효과 가시화, ② 기존 정보 자원의 공동 이용·연계 및 중복 개발 방지, ③ 다부처 관련 사업은 단일사업으로 통합 추진 등을 설정하였다. 이러한 원칙을 기초로 하여 전자정부특별위원회는 2001년 5월에 다음과 같은 전자정부 11대 중점 추진과제를 선정하였다. ① 민원서비스 혁신시스템 구축, ② 건강보험, 국민연금, 고용보험, 산재보험 등 4대 사회보험 정보시스템 간 상호 연계체제 구축, ③ 종합국세서비스시스템 구축. ④ 국가종합전자조달시스템 구축, ⑤ 재정정보시스템 구축, ⑥ 교육행정정보시스템 구축, ⑦ 공통 행정업무 정보화, ⑧ 전자인사시스템 구축, ⑨ 전자결재 및 행정기관 간 전자문서 유통 확산, ⑩ 전자서명 전자관인시스템 구축 및 사용자 확산, ⑪ 범정부적 통합전산환경 구축 등이 그것이다.
전자정부특별위원회는 2002년 11월 13일에 전자정부 11대 과제의 완성을 통한 전자정부의 출범을 선언했으며, 2003년 1월 29일에 2년 동안의 활동을 종료하였다. 당시에 정부는 그동안 11대 과제에 1422억 원을 투입하여 적어도 5조 7000억 원의 비용을 절감하는 효과를 가져왔다고 평가한 바 있다. 또한 2002년 6월에 발간된 UN의 전자정부 벤치마킹 보고서는 우리나라를 전자정부 정책이 가장 성공한 나라로 평가하였고, 같은 해 12월에 발표된 미국 브라운 대학의 전자정부 평가에서는 우리나라가 세계 2위로 선정되었다. 당시에 나라장터, 홈택스, 온나라시스템, 전자민원시스템, 전자출입국관리시스템 등이 만들어졌으며, 행정 당국이나 공공기관에서도 홈페이지를 통해 공공정보를 조금씩 공개하기 시작했다.