이 문집은 원래 숙종 연간에 이현일의 아들 이재(李栽)가 편집하고, 이재를 비롯하여 문인 권두경(權斗經)·이광정(李光庭) 등 6인이 초교·재교·대교(對校)·교(校) 등 네 차례의 교정을 거쳐 정고본(定稿本)을 완료하였으며, 부록 5권 3책도 이재가 아울러 편찬하여 간행을 시도했으나, 당시 이현일이 1694년(숙종 20) 갑술옥사 이후 죄적(罪籍)에 올라 있어 간행되지 못하였다.
그 뒤 1811년(순조 11) 별집 6권 3책을 추가하여 21책으로 간행했는데, 역시 정부의 금지로 문집은 회수되고 책판은 소각 당했으며, 간행에 참여한 자손 6인이 유배되는 수난을 겪었다. 이후 철종·고종 연간에 이현일의 신원·추탈 과정에서 간행을 시도하여 1908년 이현일의 신원과 아울러 중간되었다.
1973년에 21책본에 속집 4권 2책, 『계축추보(癸丑追補)』 1책, 『성유록(聖諭錄)』 1책, 『금양급문록(錦陽及門錄)』 1책 등을 추가하여 모두 7종 47권을 상·하 2책으로 영인·출간했고, 1987년에는 1973년의 영인본에 『존주록(尊周錄)』·『기갑신계록(己甲辛癸錄)』·『변정록(辨整錄)』 등을 추가하여 총 50권을 2책으로 영인·출간하였다.
본집 29권 15책, 별집 6권 3책, 부록 5권 3책, 합 40권 21책. 목판본. 장서각 도서·국립중앙도서관·고려대학교 도서관 등에 있다.
본집은 권1에 시 205수, 권2∼5에 상소문 51편, 권5에 차(箚) 5편, 헌의(獻議) 4편, 계사(啓辭) 3편, 권6·7에 경연강의, 권8∼17에 서(書) 305편, 권18·19에 잡저 6편, 권20에 서(序) 9편, 기 5편, 권21에 발 15편, 축문 21편, 권22에 제문 21편, 잠 2편, 명 2편, 찬(贊) 1편, 권23에 비명 6편, 묘표 3편, 권24에 묘갈명 15편, 권25에 묘지명 17편, 권26∼28에 행장 15편, 권29에 시장(諡狀) 4편이 수록되어 있다.
별집은 권1에 사(辭) 1편, 시 57수, 권2에 소 75편, 권3에 서 28편, 증언(贈言) 1편, 잡저 2편, 서(序) 6편, 발 13편, 상량문 2편, 권4에 제문 3편, 묘표 9편, 묘갈명 6편, 권5에 묘갈명 8편, 묘지명 2편, 행장 5편, 권6에 행장 7편, 시장 1편이 수록되어 있다. 부록은 권1에 연보, 권2에 행장, 권3에 묘지명과 유사, 권4에 선부군가전(先府君家傳), 권5에 제문·만장·인산서원봉안문(仁山書院奉安文) 및 상향축문(常享祝文) 등이 수록되어 있다.
속집은 권1에 시 24수, 서(書) 48편, 권2에 서(書) 63편, 권3에 서 19편, 잡저·기·상량문 각 1편, 축문 2편, 제문 7편, 신도비명 1편, 묘갈명 5편, 권4에 부록으로 이현일에 대한 제문 23편, 만장 53편이 수록되어 있다. 『계축추보』에는 서(書) 1편, 이현일의 신도비명(神道碑銘) 1편, 제문 2편, 만사 16편이 수록되어 있다.
시는 교우·문인·자제들과 수창(酬唱: 서로 시를 주고받는 것)한 것이 가장 많고, 고적(古蹟)·기행·영회(詠懷) 등이 그 다음으로 많다. 그 중에는 영사시(詠史詩)나 도학에 관한 시가 많으며, 만년에 홍원(洪原)·종성·광양 등 유배지에서 지은 시들은 유배문학연구의 자료이기도 하다.
「영화왕(詠花王)」은 9세 때 지은 것으로 경인구(警人句)이고, 「영창전매(詠窓前梅)」는 10세 때 지은 것으로 병자호란 때 남한산성의 포위소식을 듣고 격분해서 지은 시이다. 「독징비록유감(讀懲毖錄有感)」은 1649년(인조 27) 23세 때 유성룡(柳成龍)의 『징비록』을 읽고 청에 대한 복수설치(復讐雪恥)와 요동회복의 뜻을 나타낸 시이다. 「병중서회(病中書懷)」는 78세 때 지은 절필시(絶筆詩)로, “평생에 한 일이 무엇이더뇨, 하늘에 부끄럽지 않으려 했네(平生何所事, 要不愧皇天).”라는 구절이 있는데, 이는 이현일의 수양을 알 수 있는 자료이다. 이런 시들은 많은 사람들의 입에 오르내렸다.
그의 다른 저서로는 소(疏)와 그에 준하는 차·헌의 등이 138편이나 있는데, 정치·경제·국방·외교·예제(禮制) 등 정책 전반에 걸친 건의이다. 「의논대왕대비복제소(擬論大王大妃服制疏)」는 자의대비(慈懿大妃)의 복제에 관한 송시열(宋時烈)의 예설(禮說)을 비판하는 입장에서 영남 사림을 대표해서 지은 것이다. 「사면지평겸진오조소(辭免持平兼陳五條疏)」는 군왕에게 왕도정치의 원리를 제시한 것으로, 정학을 밝혀 큰 근본을 세울 것, 기강을 떨쳐서 풍속을 권장할 것, 공도를 넓혀서 왕법을 바로잡을 것, 충간을 받아들여 막히고 가린 것을 제거할 것, 민정을 살펴서 실질적 혜택을 실행할 것 등 5조목이다.
「사공조참의잉진소회소(辭工曹參議仍陳所懷疏)」·「인재이언사소(因災異言事疏)」는 인현왕후(仁顯王后)의 폐출을 반대하고 예우를 다할 것을 건의한 소로, 그의 공정함과 강직함을 알 수 있는 자료이다. 「인재이언사소」의 “폐비 민씨가 후비의 법도를 따르지 아니하여 스스로 하늘(남편인 임금)에 끊어졌다(廢妃閔氏不循壼儀, 自絶于天).”, “방위를 베풀어서 금호(禁護)를 삼가야 한다(爲設防衛, 謹其糾禁).” 등의 구절이 갑술옥사 이후 문제를 일으켜 민비를 모해하려는 뜻이 담겨있다는 죄목으로 7년의 유배살이와 그 뒤 2백여 년 동안 복관·환수 등 4∼5차의 정치적 수난을 겪게 된다.
「진군덕시무육조소(進君德時務六條疏)」는 진덕(進德)·입지(立志)·통변(通變)·택임(擇任)·육재(育材)·석시(惜時) 등 시무의 6사(事)를 제시한 것이다. 한편, 권5에는 이조판서직을 사양하는 소를 전후 10차례나 올린 것이 실려 있는데, 이를 통해 붕당시대에 벼슬길의 어려움을 보여주기도 한다. 「경연강의(經筵講義)」는 이현일이 경연에서 경사(經史)와 치도(治道)를 강론한 내용을 모아 기록한 것으로, 당시 경연운영의 실상과 이현일의 학문·정치관을 살필 수 있다.
이 문집 속에는 특히 서(書)가 많이 있다. 150인 가량의 사우(師友)·문인·자손들과 주고받은 총 360편이 있고, 시사(時事)·경학·성리학·예학(禮學) 등의 내용이 주를 이룬다. 예학에 관해서는 권두경·황수일(黃壽一)·정만양(鄭萬陽), 조카 이만(李槾) 등과의 왕복이 두드러지는데, 이의 답서는 예서(禮書)의 백미인 이유원(李猷遠)의 『안릉세전(安陵世典)』, 유장원(柳長源)의 『상변통고(常變通攷)』의 편저에 근간이 되고 있으며, 또한 이현일의 예학적 위치를 말해주고 있다. 성리설은 정시한(丁時翰)·이동완(李棟完)·신익황(申益幌), 동생 이숭일(李嵩逸) 등과의 서신 왕복을 통해 더욱 진지하게 논의되었다. 특히, 신익황과의 성리설에 관한 토론은 이황(李滉)과 기대승(奇大升), 이이(李珥)와 성혼(成渾) 사이의 사칠논변(四七論辨)에 비길 정도로 면밀한 논리를 전개하고 있다.
잡저는 서(書)와 함께 이현일의 학문, 특히 성리학적 입장을 천명하는 대표적인 논리이다. 「율곡이씨논사단칠정서변(栗谷李氏論四端七情書辨)」은 1688년 그의 나이 62세에 저술된 것이다. 그 내용은 이이가 성혼에게 답하는 「사칠논변서」에서 19조목을 뽑아내어 비판한 것인데, 그는 이이가 이황의 이기호발설(理氣互發說)을 비판하는 태도에 격분했고, 이이의 이론이 기호지방에 성행하는 것을 우려하여 이를 재비판하려는 것이 그의 저술동기였다.
그는 이이가 주장하는 기발이승일도설(氣發理乘一途說)과 이무발설(理無發說)·칠정포사단설(七情包四端說) 등을 반박하고 이황의 이기호발설을 지지하는 한편, 이유동정설(理有動靜說)·이기이물설(理氣二物說)을 주장하였다. 그의 학설은 다시 아들 이재, 이상정(李象靖)·유치명(柳致明)으로 이어져 주리설의 흐름을 확고히 형성하였다.
「수주관규록(愁州管窺錄)」은 69세 때 유배지인 종성에서 논술한 것이다. 장현광(張顯光)·조호익(曺好益)·유성룡·조식(曺植) 등 선배학자 6인의 성리설에 의심스러운 곳을 지적하여 비판적으로 검토하였고, 신안진씨(新安陳氏)·경재호씨(敬齋胡氏) 등 중국의 학자 6인에 대해서도 주자의 입장과의 차이를 분석하여 비판하였는데, 이는 매우 진취적인 학문 자세로 평가된다.
서(序)의 「어제주수도설발휘서(御製舟水圖說發揮序)」는 소에도 들어 있는데, 숙종의 「어제주수도설」을 부연설명하면서 열학(悅學)·친현(親賢)·납간(納諫) 등 5조목을 들고, 그 실천원리를 성(誠)으로 밝혀 도학적 정치원리를 제시하였다. 「둔암유공수록서(遁庵柳公隨錄序)」는 유형원(柳馨遠)의 『반계수록』에 쓴 서문으로, 저자가 실학파의 경제론과 접촉이 있었음을 알 수 있으며, 유형원의 호가 둔암이었음도 알 수 있다.
별집의 「정설(政說)」은 백성들의 고통상을 보고 치도(治道)의 8사(事)를 논술한 것으로, 저축을 늘릴 것, 경계를 바르게 할 것, 군제를 정할 것 등 3조목만 남았는데, 그가 경세론에 관심이 있었음을 알 수 있다. 부록에 수록된 「유사(遺事)」와 「취정록(就正錄)」은 행장·묘갈명 등과 함께 이현일의 전기자료이다. 특히 「취정록」은 문인 신익황이 저술한 문학기(聞學記)로서, 당초 이이의 성리설을 수용하던 신익황이 이현일과의 6년간에 걸친 논변 끝에 승복하여 문인이 된 사실을 적은 것이다.
영인본에 추가된 여러 저서들의 내용을 약술하면 다음과 같다. 『성유록』은 이현일의 상소·계(啓)·차자에 대한 숙종의 비답·전지(傳旨)·전유(傳諭) 등을 모은 것으로, 1710년(숙종 36) 아들 이재의 발문이 있고 목판본으로 간행되었다. 『존주록』은 이현일의 저술과 논의 중에서 복수설치와 존중화(尊中華)·양이적(攘夷狄) 등에 관한 문구를 모은 것으로, 시 23편과 문 18편이 수록되어 있다. 1711년 권두경의 발문이 있다.
『기갑신계록』은 일명 『백의편(白衣編)』으로 1689년에 이현일이 인현왕후의 폐위를 반대하여 올린 소에서부터 갑술옥사, 그 뒤 1721∼1723년까지 이현일의 신원에 관한 사실을 모은 것들이다. 『변정록』 역시 신원에 관한 자료로서 당쟁관계 자료이다. 『금양급문록』은 이현일의 문인록인데 총 360여 명이 수록되어 있다. 금양은 지금의 경상북도 안동시 임하면 금소(琴韶)인데, 이현일이 유배지에서 돌아와 강학하던 곳이다.
이 문집은 양적으로나 질적으로 한 시대 한 학파를 대표하는 학자의 문집으로서 손색이 없다. 그러나 그의 학문이나 사상, 그리고 경세학·예학·경학(經學) 및 정치적 위치 등에 대한 충분한 연구가 이루어지지 못한 실정이고, 오직 성리학에 대해서만 『조선유학사』·『한국철학사』 등에 소개되었으며, 몇 편의 논문이 있을 뿐이다.