본관은 의령(宜寧). 자는 훈연(熏然), 호는 지산(芝山). 할아버지는 사도시정 남두첨(南斗瞻)이고, 아버지는 남훤(南翧)이며, 어머니는 권현(權晛)의 딸이다. 함경도관찰사 남익훈(南益熏)의 아우다.
1678년 선교랑(宣敎郎)의 신분으로 증광 문과에 병과로 급제하여, 이듬해 검열이 되고 1681년 홍문록에 올랐다.
삼사의 여러 관직을 역임하였으며, 1698년 승지를 거쳐 1707년 도승지가 되었고, 사은부사로 청나라에 다녀왔다. 1712년 형조참판으로 승진하여 형제가 형조참판을 역임하였고, 1713년 강원도관찰사에 임명되었다. 1689년 기사환국 때는 원자정호문제(元子定號問題)로 송시열(宋時烈)과 대립하기도 하였으나, 정치적으로는 평탄한 길을 걸었다.