고려의 관제가 정비된 문종 때 설치되어 종5품의 영(令) 1인과 정7품의 승(丞) 2인을 두었으나, 이러한 성격의 기관으로 이미 신라에도 전례서(典禮署)가 있었던 것으로 추측된다.
1308년(충렬왕 34) 충선왕의 관제개혁으로 침원서로 개칭되어 당시 종묘행례를 주재하던 전의시(典儀寺)의 속사(屬司)로 편제되었다. 이에 따라 그 장(長)인 영은 정7품으로 낮아지고 뒤에 종7품으로 격하되었다.
그러나 공민왕의 반원정책(反元政策)으로, 다시 대묘서로 환원되고, 직제 또한 정5품 관서로서 격상되기도 하였으나, 결국 1372년(공민왕 21) 다시 침원서로 개칭되었다. 조선시대는 종5품 아문인 종묘서(宗廟署)로 바뀌어 정3품 아문인 봉상시(奉常寺)의 속사로 존속하였다. →봉상시