본관은 남원(南原). 자는 유한(維翰). 교수(敎授) 독고신(獨孤信)의 증손이며, 아버지는 독고행(獨孤行)이다. 형이 독고립((獨孤立)이다.
정묘호란 때 김경복(金慶複)과 함께 문묘(文廟)를 지키었다. 의주성전투에서 아버지 독고행과 형 독고립이 적병에게 살해당하자 독고성도 적과 싸워 수백명을 격살하고 항전하다 전사하였다. 뒤에 병조참의에 추증되었다. 의주의 구암사(龜巖祠)에 제향되었다.
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