1984년 보물로 지정되었다.「태화산마곡사천불전중수문(泰華山麻谷寺千佛殿重修文)」에 의하면 1682년에 건립하여 1842년에 중수했음을 알 수 있다. 그리고 「태화산마곡사사적입안(泰華山麻谷寺事蹟立案)」에 따르면 영산전의 천불은 인영(印英) 스님에게 의뢰하여 만들었다고 한다.
영산전은 원래 석가모니불상을 주불로 하여 여러 나한상을 봉안하는 것이 일반적이지만, 나한 대신 작은 불상을 봉안하는 경우도 있다. 이 경우 ‘천불전’이라 한다. 마곡사 영산전도 여러 기록에 천불전이라 되어 있다.「선교양종대본산마곡사연기략초(禪敎兩宗大本山麻谷寺緣起略抄)」에서는 영산전에 대해 “개산 당시 건물로, 그 후 중건하여 전대에는 과거 삼존, 현재 사위를 합해 여래를 봉안하고 천불을 봉안한 전각”이라고 기술했다. 현재 영산전에 걸려 있는 현판은 세조가 친히 와서 ‘靈山殿(영산전)’이라 쓰고 하사한 어필이라 전해진다. 관련 내용은 「태화산마곡사사적입안」에 수록되어 있다.
정면 5칸, 측면 3칸의 주심포식(柱心包式) 맞배지붕 건물이다. 마곡사에서 가장 연대가 오래된 불전이다. 자연석을 쌓은 기단 위에 덤벙주춧돌을 배열하고 원기둥을 세운 뒤 창방(昌枋)을 결구(結構)하였다. 공포(栱包)는 외2출목이며, 주칸에는 하나의 화반을 두어, 도리 처짐에 대비했다. 화반 모습은 전후면 모두 역사다리꼴이다. 전면 화반은 화려하게 연화두형으로 초각하고 후면은 단순하게 직선으로 마감하였다. 첨차도 전면은 화려한 연화두형이고, 후면은 교두형이다.
살미도 전후면 차이를 두었는데, 전면은 쇠서의 끝을 말아 올리거나 말아내리는 식으로 화려하게 처리하였고 후면은 교두형과 삼분두형으로 단순하게 마무리하였다. 내부에서는 살미 끝, 윗부분에 연꽃과 연봉오리를 조각하였다. 가구는 1고주 5량으로 구성되어 있다. 측면의 경우 2개의 고주에 대들보를 사용하지 않은 2고주 5량이다. 가구를 구성하는 대들보, 측면의 고주 등 여러 부재를 곧은 것이 아니라 자유스럽게 휜 목재를 사용한 것이 특징적이다. 지붕은 측면에 다로 풍판을 달지 않고 외부에 벽체를 노출시키고 있다. 처마도 전후면에 차이를 두어 정면은 겹처마, 배면은 홑처마로 구성되었다.
건물의 정면 창호는 모두 하부에 청판을 달았으며, 가운데 칸에만 3짝의 빗살창호이고 다른 칸에는 모두 3칸의 만살창호를 달았다.
천장은 우물천장으로, 2단의 층급을 두었는데 중앙부는 종보 위에 가설하고, 주변부는 대들보와 평주(平柱) 위에 가설하였다. 바닥은 우물마루이며, 그 위로 양측면과 뒷면이 이어지도록 불단을 마련하였다. 불단 위에는 과거칠불상 뒤로 현겁천불상이 봉안되어 있다.
칸살이 넓고 지붕이 높이 솟지 않아 평평한 느낌을 주고, 1651년(효종 2)에 지어졌으면서도 조선 초기 건축의 요소를 많이 지니고 있다는 점이 특징적이다.