대한불교조계종 제6교구 본사인 마곡사(麻谷寺)의 말사이다. 확실한 창건연대는 알 수 없으나 삼국시대에 창건된 절이라고 전하고 있다.
신라 말에 도선(道詵)이 중창하였으며, 그 뒤의 뚜렷한 역사는 전하지 않고 있으나, 조선시대 후기에 편찬된 『전역지(全域誌)』에 비암사가 나오는 것으로 볼 때 그 무렵까지 존속되었음을 알 수 있다.
그 뒤 근대에 들어와 극락전 앞뜰에 있는 높이 3m의 고려시대 삼층석탑 정상부분에서 사면군상(四面群像)이 발견되어 널리 알려지게 되었다. 1991년 대웅전을 지었으며, 1995년 극락보전을 중수하고 산신각과 요사 2동을 지었다. 1996년 범종각을 짓고 1997년 요사 1동을 지었다.
석상 중 계유명전씨아미타불비상은 1962년 국보로, 기축명아미타불비상과 미륵보살반가사유비상은 1963년 보물로 지정되어 국립청주박물관에 보관되어 있다.
극락보전은 보물로 지정된 정면 3칸, 측면 2칸의 다포집이며, 전내에 아미타불을 안치하였고, 불상 위의 닫집과 조각물들은 그 수법이 우수하다. 이 밖에 사면군상이 발견된 2012년 세종특별자치시 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정된 전의 비암사 삼층석탑과 부도 3기가 있다.