이 실록은 숙종이 죽은 지 반년 뒤인 1720년(경종 즉위년) 11월부터 편찬하기 시작해 1728년(영조 4) 3월에 완성되었다. 편찬하는 데 9년이나 걸린 것은 숙종의 재위 기간이 46년이나 되어 기사(記事)의 분량이 많았을 뿐만 아니라, 편찬 과정에서 신임사화(辛壬士禍)가 일어나 실록청 운영이 어려웠기 때문이다. 1720년 11월 숙종실록찬수청(肅宗實錄纂修廳)을 설치할 때는 김창집(金昌集)이 총재관(摠裁官)이 되어 도청(都廳)과 1 · 2 · 3방(房)의 당상(堂上) 및 낭청(郎廳)을 선임하고, 시정기(時政記)와 『승정원일기』 등 국가 기록을 바탕으로 실록을 편찬하였다. 그러나 1721년(경종 1) 12월에 소론 김일경(金一鏡) 등이 김창집 · 이이명(李頤命) · 이건명(李健命) · 조태채(趙泰采) 등 노론 4대신의 반역죄를 논하고 신임옥사(辛壬獄事)을 일으켰다. 이어 소론 대신이던 조태구(趙泰耉)가 총재관이 되어 도청과 각 방의 당상 및 낭청의 대부분을 소론으로 바꾸고 편찬을 진행하였다. 그 뒤로 최석항(崔錫恒) · 이광좌(李光佐)로 총재관이 바뀌었으나, 모두 소론인 까닭에 편찬 방침에는 큰 변화가 없었다.
이후로도 실록청이 기능을 수행하지 않은 것은 아니었다. 목호룡(睦虎龍)의 반역 행위 고발로 인해 1722년(경종 2) 3월에도 시정기 산절(刪節)은 계속되어, 임신년(1692, 숙종 18)부터 정축년(1697, 숙종 23)까지 6년간의 시정기를 거의 산절했고, 무인년(1698, 숙종 24)부터 계미년(1703, 숙종 29)까지 6년간의 시정기를 다시 실록청에 이봉하는 등 1723년(경종3) 1월 6일, 3방이 시정기 산절 서역을 거의 마쳤고, 15일에는 1방도 서역을 마쳤다. 이 무렵 시정기 산절이 거의 마무리되었다고 볼 수 있다. 그러나 실록 편찬은 지지부진했다. 신임사화로 편찬에 동원할 수 있는 인원이 대폭 줄었고, 김창집에 이어 총재관이 되었던 조태구(趙泰耈)가 1723년 5월 사면하고, 6월에는 다시 좌의정 최규서(崔奎瑞)로 바뀌었다가 또 9월에 최석항(崔錫恒)으로 바뀌는 등 지휘 체계도 혼란을 거듭했기 때문이다.
실록청 총재관은 1724년 5월 25일 다시 이광좌(李光佐)로 바뀌었다. 실록청 의궤에서 보듯이 이 사이에는 실록 편찬이 늦어지고 있다는 걱정과 빈번한 총재관 변경을 제외하고 막상 실록 편찬과 관련된 기사가 보이지 않는다. 이러다가 1724년 8월에 경종이 세상을 뜨고 영조(英祖)가 즉위했다. 영조가 즉위한 뒤에도 이광좌는 대제학 조태억(趙泰億)에게 『숙종실록』을 부지런히 저술하기를 청했다. 조태억은 일이 많다며 나이 젊고 벼슬이 낮은 사람을 얻어서 위임해 달라고 요청했다. 또 1725년 11월에는 실록청 당상이 이조(李肇) 한 사람뿐이었으므로, 간성군수(杆城郡守) 이덕수(李德壽)와 윤순(尹淳)을 실록청 당상관에 보임했다. 이어 1725년(영조 1) 2월 28일, 노론 정호(鄭澔)가 총재관이 되었고, 5월에는 이관명(李觀命)이 총재관을 맡았다. 그렇지만 이해 9월에 이르러서도 실록 편찬이 끝날 날은 요원하였다. 이후 민진원(閔鎭遠)이 총재관이 되었고, 이의현(李宜顯) · 이재(李縡) · 이병상(李秉相) · 김재로(金在魯) · 유척기(兪拓基) 등이 도청당상(都廳堂上)이 되어 실록 편찬을 계속하였다.
인쇄가 완료될 무렵, 정미환국(丁未換局)이 일어나 노론이 물러가고 이광좌 등 소론이 다시 정권을 잡았다. 소론은 노론이 편찬한 실록에 대해 마땅히 들어가야 할 기사도 노론에 불리하면 빼거나 일부러 잘못 기록한 것이 있다며 바로잡을 것을 요구하였다. 하지만 이는 사실상 불가능한 일이었으므로 각 권의 끝에 빠진 기사를 보충해 넣거나 잘못된 기사를 바로잡기로 하였다. 이처럼 소론에 의해 새로 추가된 부분을 『숙종실록보궐정오(肅宗實錄補闕正誤)』라고 한다. ‘보궐정오’는 ‘보궐(補闕)’, ‘정오(正誤)’만이 아니라, ‘포폄(褒貶)’을 담고 있다. 이에 실록보궐청(實錄補闕廳)을 설치하고 이광좌를 총재관으로 삼아 『보궐정오』를 편찬, 1728년 3월에 인쇄를 마친 뒤 노론이 편찬한 실록과 합쳐 각 사고(史庫)에 봉안하였다.