강화는 삼국시대부터 최근세에 이르기까지 군사적 요충지로서, 17 · 18세기 6진(鎭) · 7보(堡) · 9포대(砲臺)와 더불어 53돈대가 축조되었다.
이 53돈대 중 49돈대는 1679(숙종 5)년 당시 강화유수(江華留守)였던 윤이제(尹以濟)가 왕명에 따라 축조한 것이다. 이 삼암돈대도 이때 축조된 것이며, 이 돈대의 주위는 91보로 치첩(雉堞 : 성벽에서 돌출시켜서 쌓은 성벽. 그위에 첩을 둘러침)이 55개이다. 건평(乾坪) · 망양(望洋) · 석각(石角) 등 3개의 돈대와 더불어 정포보(井浦堡)의 관할하에 있었다.