1862년(철종 13) 5월에 설치한 관서이다. 조선 후기의 이정청(釐整廳)은 원래 군제(軍制)의 문란을 정리하고 군정을 쇄신하기 위한 일종의 양역(良役)의 변통(變通)을 위한 제도로서 1703년(숙종 29)에 설치하여 각 군문(軍門)의 군액(軍額)을 감하고, 일영오부제(一營五部制)로 개혁되었다.
그러나 경비의 부족으로 오부제의 편성도 백성에게 많은 부담을 주게 되어 여러가지 변통절목(變通節目)을 정하였으나, 그 또한 효과를 보지 못하고 영조 때 균역법(均役法) 실시에까지 가게 되었다.
그러나 철종 때에 들어와 오랫동안 누적된 삼정문란과 탐관오리의 착취로 삼남일대는 민란이 잇달아 일어나 이를 수습하기 위하여 안핵사(按覈使)·선무사(宣撫使)·암행어사 등을 파견하여 그 수습책을 강구한 결과 안핵사 박규수(朴珪壽)의 상소로 시정책이 건의되었다.
그래서 1862년 5월 26일 삼정이정청을 설치할 것을 결정하고, 정원용(鄭元容)·김흥근(金興根)·김좌근(金左根)·조두순(趙斗淳) 등 원로 중신급을 총재관(總裁官)으로, 김병기(金炳冀)·김병국(金炳國) 등 판서급을 당상관(堂上官)으로 임명하여 그 대책을 강구하게 한 결과, 전정(田政)·군정(軍政)은 민의에 따라 현황을 시정하고 환정(還政)은 파환귀결(罷還歸結)에 따르기로 하였다.
이 교구책으로 각 지방의 민란은 소강상태를 회복하였으나 5∼6월의 한재와 7월의 수재가 심하여 민심은 계속 흉흉하였고, 삼정이정청은 그 해 윤8월 19일「삼정이정절목(三政釐整節目)」을 책으로 반포하여 철폐되고, 그뒤의 삼정업무는 비변사에서 관장하였다.