휴정은 교(敎)와 선(禪)을 겸한 명승으로 임진왜란 때 전국 사찰에 격문을 돌려 승병(僧兵)을 규합하여 평양과 서울 수복에 공을 세웠고, 그 뒤 묘향산 원적암(圓寂庵)에 은거하였다.
휴정이 죽은 뒤 그의 문도들에 의해 이곳에 영정이 봉안되었다. 1787년(정조 11)에는 전라남도 해남 대흥사에 그를 제향하는 표충사(表忠祠)가 건립되었다. 이것을 계기로 묘향산의 암자 옆에도 사묘(祠廟)를 세우고 화상을 옮겨 봉안하였다.
1794년 평안도관찰사 이병모(李秉模)의 요청에 따라 조정에서 수충사라는 현판을 내렸다. 그리고 관리를 파견하여 제사지내고 지방관으로 하여금 제전(祭田)을 지급하게 하였으며, 승려들에게 이를 운영하게 하였다.
본래 국가유공자에 대한 포상의 의미를 지녔기 때문에 승려를 제향하는 사우임에도 불구하고 1871년(고종 8) 흥선대원군에 의하여 단행된 서원과 사우철폐책에서 제외되어 그대로 존속하였다.