본관은 파평(坡平). 아버지는 참판 윤보(尹甫)이며, 중종 비(妃) 장경왕후(章敬王后)의 아버지이다.
1504년(연산군 10) 갑자사화 때 죄인 윤필상(尹弼商)의 족친이라 하여 유배되었으며, 1506년의 중종반정에 참여하여 정국공신(靖國功臣) 3등에 녹훈되었다.
이듬해 딸이 숙원(淑媛)에서 왕비로 책봉되어, 파원부원군(坡原府院君)에 봉해지고 판돈녕부사(判敦寧府事)가 되었다. 1527년(중종 22) 동궁 내에 저주하는 물건이 나온 것을 우의정 심정(沈貞)에게 알려 조사하게 하였고, 그 뒤 아들 윤임(尹任)과 함께 세자(후일의 인종)의 보호에 진력하면서 윤원형(尹元衡) 등의 소윤과 대립하였다.
1545년(명종 즉위년) 을사사화로 아들 윤임은 사사(賜死)되었으나, 80세의 노령에다 선후(先后)의 아버지이므로 특별히 용인에 부처되었다가 1551년(명종 6)에 풀려났다. 사후에 복관되었으며, 시호는 정헌(靖憲)이다.