본관은 한산(韓山). 자는 가겸(可謙), 호는 북애(北崖). 이색(李穡)의 7세손으로, 현감 이장윤(李長潤)의 증손으로, 할아버지는 한성군(韓城君) 이질(李秩)이고, 아버지는 종묘서영 이지숙(李之叔)이며, 어머니는 김필신(金弼臣)의 딸이다.
1549년(명종 4) 사마시에 합격해 진사가 되고, 1560년 별시 문과에 급제해 승문원정자에 보임되었다가 홍문관의 정자 · 박사 · 수찬 · 교리를 역임하였다. 이어 지평(持平), 사간원의 정언(正言) · 헌납 등을 차례로 역임하고, 육조의 관직도 두루 거쳤다. 외임(外任)으로는 함경도북평사 · 경기도사를 지냈다.
1568년(선조 1) 원접종사(遠接從事)가 되어 중국의 사신을 맞이하였다. 1573년 이조정랑 · 검상 · 사인 · 집의 · 전한 · 직제학을 거쳐 승지에 이르러 자급(資級)을 뛰어넘어 통정대부(通政大夫)가 되었다.
통정대부 때 내직으로는 병조 · 호조 · 형조의 참의와 판결사 및 도승지를 지냈고, 외직으로는 황해 · 충청 · 전라 · 경상 4도의 관찰사를 지냈다.
1585년 가선대부(嘉善大夫)가 되었으며, 뒤에 가의대부(嘉義大夫)가 되었다. 이 때 형조 · 예조 · 이조의 참판, 한성부의 좌윤 · 우윤, 부제학 · 대사헌 · 동지의금부사를 역임하였다.
1589년 대관의 장으로 정여립옥사(鄭汝立獄事) 국문에 참여하는 공을 세워, 이듬해 평난공신(平難功臣) 3등에 책록되고 아천군(鵝川君)에 봉해졌다. 이 해 성절사(聖節使)로 중국에 다녀왔다.
1591년 형조판서에 제수되었으며, 뒤에 정헌대부(正憲大夫)가 되어 형조 · 예조 · 공조의 판서, 좌 · 우참찬을 역임하였다. 임진왜란 후에는 국가의 기강을 바로잡는 데 헌신하였다. 죽은 뒤에 대광보국숭록대부의정부영의정아천부원군(大匡輔國崇祿大夫議政府領議政鵝川府院君)에 추증되었다.
사람됨이 정직해 아첨을 하지 않았는데, 이 때문에 홍문관정자 재임 시에는 권간(權奸)에 의해 북막(北幕)에 좌천되기도 하였다. 청렴해 가산을 돌보지 않아 재상의 반열에 있을 때에도 가난한 선비처럼 생활했고, 효도와 우애도 지극했다. 시호는 의간(懿簡)이다. 저서로는 『북애집』 1권이 있다.