1673년(현종 14) 박세채(朴世采)가 쓴 서문에 의하면, 『일재집』은 이항의 5대손 이성익(李星益)이 유고를 수집해서 박세채에게 편찬을 위촉하여 간행을 준비하다 출간하지 못하고 사망하자, 일가인 이준구(俊耉)가 이 일을 계속하여 박세채의 정리를 얻은 뒤 1673년에 간행한 것이라고 한다. 계축년에 처음 발간되었기에 이를 ‘현종계축초간본’이라고 한다. 권두에 박세채의 서문과 송시열(宋時烈)의 발문이 있다.
그 뒤 이항의 9대손 이동협(李東莢)이 여러 사람의 문헌을 널리 참고하여 듣고 기록한 바를 모아 속집을 간행하였다. 그러나 속집에 선택이 정밀하지 못하고 잘못된 곳이 많아 1935년에 다시 유집을 정비하여 활자본으로 간행하였다. 이것을 ‘을해중간활자본’이라고 한다. 여기에는 이항의 후손 이도복(李道復)의 발문과 김환각(金煥珏)의 후기 「경제일재선생유집중간후(敬題一齋先生遺集重刊後)」가 추가되어 있다.
1959년 성균관대학교 대동문화연구원에서 『일재유집』을 조광조(趙光祖)·서경덕(徐敬德)·조식(曺植)·김인후(金麟厚)의 문집과 함께 『이조초엽명현집선(李朝初葉名賢集選)』이라는 한 권의 책으로 영인·출판하였다.
6권 4책. 『일재집』 목판본 1책, 『일재속집』 목활자본 1책, 『일재유집』 4권 2책. 규장각 도서·국립중앙도서관·성균관대학교 도서관 등에 있다.
권1에 시·서(書)·잠(箴)·명(銘)·잡저(雜著)·유묵(遺墨), 권2∼4에 부록이 실려 있다.
서(書)는 대부분 김인후(金麟厚)·노진(盧禛)·기대승(奇大升)·노수신(盧守愼) 등 당시의 유학자들과 학문에 관해 논의한 것으로, 이항의 학문을 연구하는 데 중요한 자료가 된다.
잡저 가운데 「이기설(理氣說)」에서는 주희(朱熹)의 말을 인용하여, 이와 기는 서로 떨어지는 것도 아니고 그렇다고 서로 분별없이 뒤섞이는 것도 아니라고 하면서 진실로 도를 알지 못하면 누가 능히 이것을 알겠느냐고 하였다.
부록에는 세계도(世系圖)·연보(年譜)·사우록(師友錄)·문인록(門人錄)·제문(祭文)·만사(輓詞)·제현창수(諸賢唱酬)·묘갈명(墓碣銘) 등이 실려 있다. 사우록에는 박영(朴英)·김식(金湜)·윤정(尹鼎)·김정(金淨)·이언적(李彦迪)·이황(李滉)·김인후·박소(朴紹)·조식·박순(朴淳)·심의겸(沈義謙) 등 학덕과 명성이 높았던 사람들의 기록이 수록되어 있다.