총높이 387㎝, 비신 240×110×32㎝. 이이(李珥)의 학덕을 기리는 한편, 자운서원 건립 내력을 상세히 기록한 비이다.
자운서원은 1615년(광해군 7) 건립하였고, 1650년(효종 1) 왕이 ‘자운(紫雲)’의 현액(懸額)을 하사하였다. 이곳은 이이를 비롯한 그의 제자인 김장생(金長生)·박세채(朴世采) 등을 배향(配享)하고 있다.
비는 자운서원의 외삼문(外三門) 밖 우측에 있다. 옥개(屋蓋)는 높이 70㎝ 가량의 팔작(八作)지붕으로 평범한 형식이며, 장방형인 비좌(碑座)는 2단으로 나누어져 있다. 하단에는 4개의 두꺼운 판석(板石)으로 지대석(地臺石)을 만들고 그 위에 비좌를 놓았다.
높이 77㎝의 비좌에는 상면에 복련문(覆蓮文)이 새겨져 있으며, 측면은 연주문(蓮珠文)과 괴운문(怪雲文)으로 조식하였다. 비문은 송시열(宋時烈)이 짓고, 김수증(金壽增)이 썼는데, 서체는 예서체(隷書體)이다.
비의 상단에는 김수항(金壽恒)이 쓴 ‘紫雲書院廟庭之碑(자운서원묘정지비)’라는 전액(篆額)이 있다. 비문 끝의 崇禎五十六年癸亥(숭정오십육년계해)라는 연기로 보아, 비의 건립연대는 1683년(숙종 9)임을 알 수 있다.
자운서원은 흥선대원군(興宣大院君)의 서원철폐와 한국전쟁으로 크게 손상된 것을 1970년 비각(碑閣)을 현재의 정면 3칸, 측면 3칸의 규모로 거의 원형대로 복원하였는데, 대지는 2,211평에 본전(本殿) 약 12평과 삼문(三門) 6평 정도의 규모이다.