2012년 보물로 지정되었다. 장안사는 통일신라 문무왕 13년(673) 원효대사가 창건한 사찰이며, 대웅전은 김방한의 ‘장안사대웅전기’(長安寺大雄殿記)와 근래에 발견된 ‘묵서명’으로 인해 건물의 중건 및 중수연대가 명확히 규명된 부산 지역에서 가장 오래된 다포식 건축물이다.
장안사는 원효대사가 창건할 당시에는 쌍계사라 하였다가 애장왕 때에 장안사라 개칭하였고, 임진왜란 때 불탄 것을 1638년(인조 16)에 태의대사(太義大師)가 중건하였다고 한다. 그러나 대웅전은 1654년(효종 5)에 중건되었고 1948년에 크게 중수된 사실이 있다. 따라서 현재의 건물 모습은 1645년 중건 이후에 만들어진 것으로 보아야 한다.
현재 장안사는 중심에 대웅전을 두고 좌우에 명부전과 응진전이 세워져 있고, 명부전과 응진전에 직렬하여 요사채가 배치되었다. 그러나 이 요사채들은 약 30여 년 전에 신축한 것이며, 본래는 대웅전과 병렬하여 강당이 있었다고 한다.
대웅전은 평면 규모에 비해 웅장한 스케일을 가지고 있다. 이것은 대웅전 자리의 지대가 높기 때문이기도 하지만, 건물이 높고 처마가 깊게 돌출한 팔작지붕을 가지고 있기 때문이다. 평면은 대웅전에서 흔히 사용되는 정면 3칸, 측면 3칸의 기둥 배열을 갖지만, 정면의 기둥 간격이 넓고 특히 정면 어칸의 기둥 간격이 4분합문을 달 정도로 넓기 때문에 장방형의 평면 형태를 취하고 있다. 내부에는 뒤쪽으로 고주 1렬을 세워 후불벽을 만들고 불단을 설치하여 본존불인 석가여래를 중심으로 오른쪽은 아미타여래불, 왼쪽은 약사여래불을 모시고 있다.
기둥과 평방의 결구 수법은 다포계 건물 중에서 비교적 완결성을 보여준다. 즉 기둥머리 부분에 평방을 끼워 넣어 평방 사이의 이음새를 보이지 않도록 만든 것이다. 공포 부재는 화려하고 정교하게 조각되어 장식성을 강조하였다. 쇠서는 하단부를 섬세하게 조각하였고 앙서형으로 급하게 추켜올려 강한 상승감을 주고 있다. 특히 귀공포는 전각포로서 주두 위에는 살미쇠서 2개를 놓아 포를 크게 하면서 양단부의 분절을 분명히 하였다.
대웅전의 창호 구성은 중심성을 강조하는 입면 구성의 기법과 소목공예의 화려함을 보여준다. 양협칸의 3분합문은 중앙 창에 교살을 사용하고 양옆은 격자살을 두어 중앙을 강조하였고, 어칸의 4분합문은 양옆에 교살을 사용하고, 중앙 두 짝문에는 격자교살을 두어 중심성을 심화시켰다. 격자살 중앙에 교살, 그리고 교살 중앙에 격자교살이라는 단지 두 종류의 창살기법으로 중심성이라는 건축적 어휘를 훌륭하게 표현한 것이다. 각 창호의 상부에는 격자살마다 한 칸 건너 원형 꽃살을 장식한 것도 고급스러운 소목공예라 볼 수 있다.
장안사 대웅전은 앙곡이 강한 지붕, 정·배면의 공포 짜임새, 정면의 어칸 및 좌·우 협칸의 창호 구성, 보개천장 등의 양식적 특징을 보여주고 있을 뿐 아니라, 주요 구조재와 단청이 중창 때의 모습을 잘 간직하고 있어 역사적·건축사적·학술적으로 가치가 높다.