원래는 고려 초기 목종 때 전중성(殿中省)이 설치되어 이곳에서 왕이 필요로 하는 물품을 분담한 6국(局 : 尙食·尙醫·尙衣·尙舍·尙乘·尙醞局)을 총괄하고 친속의 보첩에 관한 일을 주관하였다.
그러나 고려 후기에 들어와 원나라의 내정간섭으로 고려는 빈번하게 관제개혁을 하게 되었는데, 이 때 전통적인 관제의 명칭이 소멸되었다. 전중성 또한 명칭이 몇 차례 바뀌게 되었다. 1298년 충선왕이 7개월간 왕위에 있으면서 종정시(宗正寺)로 개칭되었으며, 1310년(충선왕 2)에는 종부시(宗簿寺)에서 친속의 보첩만을 관장하게 하였다.
그 뒤 배원정책과 고려의 부흥을 꾀하면서 1356년(공민왕 5)과 1369년에 실시한 관제개혁에 의해 고려의 전통적인 구제도가 회복되었다. 그러나 전중성만은 복고되지 못하고 종정시로 개칭되었다.
직제는 판사(判事, 정3품) 1인, 경(卿, 종3품) 1인, 소경(少卿, 종4품) 1인, 승(丞, 종5품) 2인, 내급사(內給事, 종6품) 1인, 주부(注簿, 종7품) 1인이 있었다. 이속(吏屬)은 문종 때 정해졌는데 주사(主事)·영사(令史)·서령사(書令史)·기관(記官)이 각각 4인씩, 산사(算士) 1인이 있어 실무를 담당하였다.
1371년에 다시 종부시로 개칭되고, 이에 따른 직제개편이 있었다. 조선시대에 들어와서 처음에는 전중시(殿中寺)라 했으나, 1401년(태종 1) 종부시라 개칭되어『선원보첩(璿源譜牒)』을 편찬하고, 종실의 허물과 잘못을 규찰해 왕실의 존엄성을 지키는 데 이바지하였다.
고려 후기 관청의 잦은 명칭 변경은 당시 원나라의 내정간섭의 한 단면을 보여줄 뿐만 아니라 그에 대응해 고려의 정통성을 지키기 위한 고려 왕실의 노력을 짐작하게 하는 단서라 하겠다. → 종부시(1)