대한불교조계종 제1교구 본사인 조계사(曹溪寺)의 말사이다. 고려 현종이 진관대사를 위하여 진관사를 창건하였다.
고려경종이 죽자 젊은 왕비는 왕태후가 되어 파계승 김치양(金致陽)과 정을 나누다가 사생아를 낳았다.
그 때 목종에게 아들이 없어 태조의 아들이던 왕욱(王郁: 安宗)의 직손이며 법통을 이어받을 대량원군(大良院君)이 왕위 계승자로 정해져 있었다.
그러나 왕태후는 대랑원군을 없애고 자신의 사생아를 옹립하기 위하여 목종에게 참소하여 숭경사(崇慶寺)에 가두고 죽일 틈을 엿보았으나 뜻을 이루지 못하자, 다시 삼각산 신혈사(神穴寺)로 옮기도록 하였다.
신혈사는 진관(津寬)이 혼자서 수도하는 곳이었기 때문에 살해하기 쉬울 것으로 생각하였으나, 이 사실을 눈치 챈 진관이 본존불을 안치한 수미단 밑에 지하굴을 파서 열두 살인 대랑원군을 숨겼으므로 왕태후가 보낸 자객의 화를 면할 수 있었다.
3년 뒤 목종이 죽자 대랑원군은 개경으로 돌아가 현종이 되었고, 1011년 진관의 은혜에 보답하고자 신혈사 자리에 대가람을 세우고 대사의 이름을 따서 진관사라 하였다.
그 뒤 진관사는 임금을 보살핀 은혜로운 곳이어서 여러 임금의 각별한 보호와 지원을 받았다.
1090년(선종 7)에 왕이 행차하여 오백나한재를 베풀었고, 1099년(숙종 4)과 1110년(예종 5)에도 왕이 행차하여 참배하고 시주하였다.
조선에서는 1397년(태조 6) 태조는 이 절에 수륙사(水陸社)를 설치하고 여러 번 행차하여 육지와 수중의 고혼과 아귀를 위하여 법식(法食)을 공양하는 수륙재를 지냈다.
이를 본받아 척불왕이던 태종도 1413년(태종 13) 이 절에서 성녕대군(誠寧大君)을 위한 수륙재를 열고, 향과 제교서(祭敎書)를 내렸으며, 수륙재위전(水陸齋位田) 100결을 하사하여 재를 계속하게 하였다. 이후부터 이 절에서는 매년 1월 또는 2월 15일에 수륙재를 열었다.
그 뒤 1463년(세조 9) 화재로 소실된 것을 1470년(성종 1) 벽운(碧雲)이 중건하였으며, 1854년(철종 5)과 1858년에 중수하였다.
1879년(고종 16)에 경운(慶雲)이 대방을 중수하였고, 1908년에는 송암(松庵)이 오층석탑을 세우고 1910년에 대웅전의 삼존상을 개금하였으며 명부전을 중수하면서 지장보살상을 개금하였다. 또한 독성전과 칠성각을 새로 지었다.
그러나 6 · 25전쟁 때 나한전 등 3동만을 남기고 모두 소실되었다. 1964년부터 진관(眞觀) 비구니가 당우를 차례로 재건하여, 현재에는 대웅전을 비롯한 명부전 · 나한전 · 독성전(獨聖殿) · 칠성각 · 홍제루(弘濟樓) · 종각(鐘閣) · 일주문 · 선원(禪院) · 대방(大房) 등을 갖추었으며, 비구니 수도도량으로 이용하고 있다.
진관사의 수륙재는 2013년 국가무형문화재(현, 국가무형유산)로 지정되었을 뿐만 아니라, 나한전에서 발견된 항일독립운동승려 백초월(白初月)의 태극기와 독립신문류 등이 2010년 국가등록문화재(현, 국가등록유산)로 지정되었다.
그 외 서울특별시 유형문화유산으로는 2002년 지정된 소삼존불상(塑三尊佛像), 소십육나한상(塑十六羅漢像), 영산회상도(靈山會上圖), 십육나한도(十六羅漢圖), 칠성도(七星圖), 명호스님초, 산신도(山神圖)가 있다. 문화유산자료로는 2002년 지정된 석불좌상, 소 독성상, 독성도와 2006년 지정된 칠성각, 독성전 등이 있다.