6권 3책. 필사본. 후한 말 위백양(魏伯陽)의 『주역참동계(周易參同契)』를 해설한 것으로 그의 저술 총서인 『보만재총서(保晩齋叢書)』에는 6권 중 5·6권인 제2책이 없어진 채로 수록되어 있다. 간송미술관(澗松美術館)에 있다.
주역참동계란 “참(參)은 잡(雜)이며 동(同)은 통(通)이고 계(契)는 합(合)으로, 『주역』과 이통(理通)하고 의합(義合)함을 이름[彭曉序]”이라 한 것처럼, 연단(煉丹)의 법이 역리(易理:주역의 법칙)에 참통하고 계합함을 설한 책이다.
서명응은 이러한 뜻을 이어 『참동계』의 구성을 『주역』의 상수(象數)로 풀이하고 있는데, 『참동고』의 6권, 즉 6고(考)는 역괘(易卦)의 육효(六爻)를 본뜬 것으로, 전 3권은 본문을 해설하고 후 3권은 같은 이치의 글들을 모아서 펴낸 것이다.
즉, 그 구성은 첫머리에 참동고서(參同攷序)와 참동고총론(參同攷總論)을 붙였는데, 권1의 초의고(初擬攷)는 『역참동계(易參同契)』 상편, 권2의 호체고(互體攷)는 같은 책 중편, 권3의 인중고(因重攷)는 같은 책 하편이다.
권4의 변시고(辨是攷)는 『석함참동(石函參同)』 상편, 권5의 다식고(多識攷)는 『고정참동(考亭參同)』, 권6의 거안고(居安攷)는 『역서장정(易序章程)』으로 엮었다.
내용별로 보면 전반부의 『역참동고』와 후반부의 『석함참동』·『고정참동』·『역서장정』의 네 부분이다. 『주역참동계』에는 전래본의 『금문참동계』와 석함에서 발견되었다는 『고문참동계』가 전하는데, 허균(許筠)을 비롯하여 조선학자들이 모두 후자를 옳다고 보았으나, 서명응은 이를 비판하고 전자를 옳다고 보는 독창적인 관점을 제시하고 있다.
권4에는 정기가(鼎器歌), 권6에는 장부(臟腑) 등을 붙여 내단수련의 구체적인 이론을 역리(易理)로 풀어 나가고 있다.