대한불교조계종 제19교구 본사인 화엄사의 말사이다. 화엄사 · 쌍계사와 함께 지리산 3대 사찰의 하나로서, 828년(흥덕왕 3) 인도 승려 덕운(德雲)이 창건하였으며, 앞뜰에 있는 샘물을 마시면 정신이 맑아진다고 하여 감로사(甘露寺)라 하였다.
그 뒤 875년(헌강왕 1)에 도선국사(道詵國師)가 중건하였고, 고려 충렬왕 때에는 남방제일선찰(南方第一禪刹)로 승격되었다가 임진왜란의 전화로 완전히 불타버렸으나, 1610년(광해군 2)에 혜정(惠淨)이 중창하였고, 1679년(숙종 5)에 단유(袒裕)가 중건하여 천은사라 하였다.
중건 당시 감로사의 샘가에는 큰 구렁이가 자주 나타났으므로 한 승려가 이를 잡아 죽였더니 그 뒤로부터는 샘이 솟아나지 않았고, 샘이 숨었다 해서 천은사로 개명하였다 한다. 절 이름을 바꾼 뒤 이상하게도 이 사찰에는 원인 모를 화재가 자주 일어나서 절에 큰 걱정거리가 되었지만, 재화가 끊이지 않자 주민들은 절의 수기(水氣)를 지켜 주는 뱀을 죽였기 때문이라며 두려워하였다.
그 때 조선 4대 명필의 한 사람인 이광사(李匡師)가 수체(水體)로 물 흐르듯 ‘智異山泉隱寺’라는 글씨를 써서 수기를 불어 넣은 현판을 일주문에 걸게 한 뒤로는 다시 화재가 일어나지 않았다고 한다. 지금도 새벽녘의 고요한 시간에 일주문에 귀를 기울이면 현판 글씨에서 신운(神韻)의 물소리가 연연히 들린다고 전하여 내려온다.
1774년(영조 50)에 혜암(惠庵)이 그 전년에 화재로 소실되었던 전각을 남원부사 이경륜(李敬倫) 등의 도움을 얻어 중창하였고, 1996년에는 천왕문 · 종각을 지어 오늘에 이른다.
현존하는 당우들은 대부분이 1774년에 중건한 것으로, 2019년 보물로 지정된 극락보전을 비롯하여 팔상전(八相殿) · 응진당(應眞堂) · 칠성각 · 삼성전(三聖殿) · 첨성각(瞻星閣) · 감로전 · 불심원 · 회승당(會僧堂) · 보제루(普濟樓) · 방장선원(方丈禪院) · 종무소 · 일주문 · 수홍문(垂虹門) 등이 있다. 이 가운데 수홍문은 무지개가 드리워 내린 듯 계곡과 함께 아름다운 운치를 띤다.
극락보전 그외 문화유산으로는 극락전아미타후불탱화(보물, 1987년 지정), 괘불탱(보물, 2002년 지정), 금동불감(보물, 2008년 지정), 삼장보살도(보물, 2016년 지정), 목조관세음보살좌상 및 대세지보살좌상(보물, 2016년 지정) 등이 있다.