서울대학교 김원룡(金元龍) 교수 등이 학계의 중의를 모아 협동적 분위기를 조성하고, 과학적인 학풍을 수립하며, 국제수준의 고고학 연구를 목적으로 한국고고학연구회를 발족시켰다.
1976년에 창립된 ‘한국고고학연구회(韓國考古學硏究會)’가 그 모태이다. 당시에는 이미 1967년에 창립된 고고학 관련 모임으로 한국고고학회와 한국고고학협회(韓國考古學協會)가 있었으나 실제 활동이 미미하고 학계 전체를 결집하지는 못하였다. 그리고 같은 해 학회지 『한국고고학보』와 『한국고고학연구회 뉴스레터』를 창간하였다.
1987년에는 기존의 고고학 관련 모임을 흡수하면서 학회의 이름을 지금의 한국고고학회로 바꾸었고, 1989년에는 『한국고고학연구회 뉴스레터』를 『한국고고학회 소식』으로 변경하였다. 1993년에는 『한국고고학회 소식』을 『한국고고소식』으로 변경하였는데, 격월간으로 발행하다 2001에 종간되었다.
2004년에는 학회지 『한국고고학보』가 한국연구재단 등재학술지로 선정되었다. 같은 해 영남대학교 국제관에서 “한국고고학 발전 방향 모색을 위한 워크숍 -유적조사의 현황과 과제"라는 주제로 학술회의를 개최하였다. 2014년에는 “매장문화재 보호 및 조사 관련 법령 및 규정의 제 문제와 개선 방향” 을 주제로 워크숍을 개최하였다. 2018년에는 백제학회, 공주대학교 백제문화연구소 등과 공동으로 "공주 대통사지 성격 구명과 향후 조사 및 활용 방안"을 주제로 학술회의를 개최하였다. 2019년에는 국립경주문화재연구소와 공동으로 "목관묘로 본 사로국의 형성과 전개"라는 주제의 학술회의를 개최하였다.
2022년에는 국립중앙박물관과 공동으로 "국립박물관 소장 일제강점기 자료의 공개와 활용 – 발굴자료를 중심으로"라는 주제의 학술회의를, 2023년에는 국립문화재연구원과 '공동 여름 발굴 캠프'를 개최하였다.
학회의 주요 학술활동으로는 매년 두 차례 정기적으로 개최하는 학술발표회가 있다. 5월에는 전국역사학대회의 참가학회로서 공동주제발표와 고고학분과 발표회를 개최한다. 11월에는 매년 기획한 공동주제를 가지고 발표와 토론회를 갖고 중요 유적발굴 조사성과를 학계에 보고하는 ‘한국고고학 전국대회’를 개최한다. 이 외에도 매장유산의 보호 · 보존을 위한 활동도 활발히 하고 있다.
학술지로 『한국고고학보』를 발간하고 있으며, 『한국고고학보』에 발표된 논문 중에서 가장 우수한 논문에 대하여 논문상을 시상하고 있다.