서울대학교 김원룡(金元龍) 교수 등이 학계의 중의를 모아 협동적 분위기를 조성하고, 과학적인 학풍을 수립하며, 국제수준의 고고학 연구를 목적으로 한국고고학연구회를 발족시켰다.
1976년에 창립된 ‘한국고고학연구회(韓國考古學硏究會)’가 그 모태이다. 당시에는 이미 1967년에 창립된 고고학 관련 모임으로 한국고고학회와 한국고고학협회(韓國考古學協會)가 있었으나 실제 활동이 미미하고 학계 전체를 결집하지는 못하였다. 1987년에는 기존의 고고학 관련 모임을 흡수하면서 학회의 이름을 지금의 명칭으로 바꾸었다. 1977년 이후 제22대 회장이 2008년부터 취임하여 활동하고 있다.
학회의 주요 학술활동으로는 매년 두 차례 정기적으로 개최하는 학술발표회가 있다. 5월에는 전국역사학대회의 참가학회로서 공동주제발표와 고고학분과 발표회를 개최한다. 11월에는 매년 기획한 공동주제를 가지고 발표와 토론회를 갖고 중요 유적발굴 조사성과를 학계에 보고하는 ‘한국고고학 전국대회’를 개최한다. 그리고 가장 기본적인 문화유산인 매장유산의 보호 · 보존을 위한 활동도 활발히 하고 있다.
학술지로는 『한국고고학보』가 있는데, 처음엔 연2회 발간하다, 2002∼2005년에는 연3회, 그리고 2006년부터 현재까지 연4회 발간하고 있다. 그 밖에도 『한국고고소식』을 격월간으로 발행해 전국 발굴현장소식 등 학계의 최신 정보를 제공하였으나 2000·4호(2001.2.19)를 마지막으로 종간하였다.
학회의 운영은 민주적인 절차에 따라 학계 전체의 의견을 수렴하도록 전국에서 선출된 15명 내외의 평의원이 구성하는 평의원회를 중심으로 이루어지고 있다. 회원은 정회원 · 일반회원 · 학생회원으로 구분되며, 따로 명예회원제도를 두고 있다. 회원의 총수는 2005년 1월 1일 현재 총원 1,414명, 정회원 280명, 일반회원 802명, 학생회원 332명이다.