조선 후기 ‘ 3정(三政)의 문란’으로 불리는 부세 제도의 폐단 중 한 사례로 꼽힌다. 3정인 전정(田政) · 군정(軍政) · 환정(還政) 중에서도 군정의 문란에 속한다. 토지를 기준으로 부과되는 전세(田稅)와는 달리, 군정은 인정(人丁)을 단위로 운영되는 부세였다. 따라서 그 폐단도 정해진 인원을 채우는 과정에서 발생하였고 황구첨정도 그러한 사례였다.
조선 시대의 군역은 16세부터 60세까지의 양인(良人) 남자에게 부과하는 것이 원칙이었다. 16세기 중반 군적수포제(軍籍收布制)가 법제화되면서, 군역제는 직접 입역하는 방식에서 군포 납부 방식으로 전환되었다.
양반층은 이미 군역에서 면제된 상태였고, 전란 이후 군비를 확충하고 군영을 창설하는 과정에서 양민들이 납부해야 하는 군포는 늘어났다. 무거워진 군역을 피하여 납속 · 향안입록 · 족보 위조 등의 방법으로 양반을 모칭(冒稱)하거나 관리와 결탁하거나 촌락으로부터 도망하는 양인들이 늘어나면서 군포 납부자의 수는 줄어들었다.
그러나 군현별로 배정된 군정의 총액〔軍摠〕은 그대로였고, 각 군현의 수령은 그 수에 맞춰 양인들을 군적에 등록해야 하였다. 군적에 등록하는 것을 첨정(簽丁) 또는 첨군(簽軍)이라고 하였다. 군포 납부자는 줄어드는데 징수해야 하는 군포 수는 그대로였기 때문에 각 군현의 지방관들은 황구첨정, 백골징포(白骨徵布), 인징(隣徵), 족징(族徵) 등의 방법으로 정해진 군액을 채웠다.
조선 정부는 양역(良役) 변통책을 논의하며 황구첨정 등의 폐단을 없애려고 하였다. 『대정통편』에서는 5세 이하의 유아〔황구(黃口)〕나 14세 이하의 어린이〔아약(兒弱)〕를 군적에 올리지 못하도록 규정하며, 이 규정을 어긴 수령에 대한 처벌 규정을 명시하였다.
양민들의 군포 부담을 반으로 줄여주는 균역법을 실시하기도 하였으며, 군총(軍摠) 수를 줄여주거나 양정(良丁)이 부족한 고을은 인근 고을의 양정을 옮겨 주는 조치도 취하였다. 그러나 총액제 속에서 피역자(避役者)의 군포가 남은 사람에게 전가되는 구조와 군액은 많고 부담자는 적은 ‘군다민소(軍多民少)’의 상황이 근본적으로 바뀌지 않는 한, 이러한 폐단은 쉽게 사라지지 않았고, 황구첨정 등의 군역 폐단은 19세기까지 지속되어 농민항쟁을 불러일으키는 원인이 되었다.