본래 세금으로 곡물을 납부할 때 마질이나 되질을 하면서 땅에 떨어지는 쌀을 뜻한다. 그런데 수세 담당자인 이서층이나 창고지기[고직(庫直)] 등에게 낙정미를 지급하는 관행이 있었고, 관련 사례는 고려시대부터 확인된다. 이에 따라 그 의미가 확대되어 ‘수고한 끝에 조금 얻어 차지하게 되는 물건’을 일반적으로 일컫는 말로도 쓰인다.
처음에 낙정미는 수세 담당자 또는 창고를 관리하는 담당자에게 수고에 대한 작은 대가로 지불하였으므로 별다른 문제가 되지 않았고 일반적인 관행으로 허용되었다. 그러나 낙정미를 핑계로 규정 외의 세금을 과하게 요구하거나 낙정미를 별도의 용도로 이용하는 사례들이 생기면서 폐단으로 인식되기 시작하였다. 연산군 때에는 다량의 낙정미를 내수사(內需司)나 응방(鷹坊)에 실어 보내도록 하여 반발을 산 사례도 있었다.
조선 후기에는 대동법과 균역법을 시행하면서 전결(田結)의 항목이 늘어났고, 이러한 전세의 수납에 소요되는 운반비, 수고비 등 각종 경비를 충당하기 위한 부가세 명목도 늘어났다. 낙정미는 특히 읍 단위에서 곡물 1석(石, 약 180ℓ) 당 부과되는 부가세 항목으로 간색미(看色米), 타석미(打石米) 등과 함께 규정되었다. 이때 낙정미는 수납이나 운반하는 과정에서 발생할 수 있는 손실분을 보충하기 위한 명목으로 징수되었다.
유형원의 『 반계수록』에 따르면, 전세 1000석을 거둘 때 낙정미 명목으로 100석을 추가로 거두는 상황이라고 하였다. 이렇듯 낙정미가 부세 수취상의 폐단이 되자 영조 때의 「작미절목(作米節目)」에서는 낙정미를 백성에게 도로 가지고 가도록 조처하기도 하였으나 실효를 거두지 못하였다.
19세기 정약용의 말에 따르면, 관아에서 10두(斗, 약 18ℓ)의 곡식을 빌려주고 1두의 모곡(耗穀)을 받는 것도 모자라 낙정미 1두를 추가로 거두었는데 그마저도 곱절로 거두는 일이 있었다. 그 외에 간색미 · 타석미까지 추가되면 본래 빌려준 것의 절반 가까이를 거둔다고 하였다.