1992년 4월 서울대학교병원에서 한국의 근대의학 발달과 의료기기의 변천사, 서울대학교병원의 변천을 한눈에 볼 수 있는 역사 자료의 수집ㆍ전시ㆍ보존ㆍ교육 및 관련 정보를 체계화할 문화공간으로서 개관하였다. 대한제국기인 1908년에 완공되어 국립의료기관 역할을 하던 대한의원 본관 건물을 서울대학교병원의 역사적 뿌리로서 보존한다는 차원에서 박물관 건물로 삼았다. 소장품으로는 근대의학 도입 이후의 각종 문서와 의료기기 1,000여점, 병원사 관련 의문화(醫文化) 자료, 사진 및 영상 자료, 치과의사로서 의학사(醫學史) 연구에 헌신한 소암(素岩)기창덕(奇昌德)이 기증한 한국 근대의학 사료 9,000여권이 있다. 2007년 7월부터 기존의 병원사연구실과 의학박물관을 통합하여 신설한 병원역사문화센터 관할 아래 운영되고 있다.
2층에 마련된 전시실은 상설전시실, 기획전시실로 이루어져 있다. 상설전시실에서는 근대기 서양의학이 도입되어 일제 강점기를 거치고 해방 이후 비약적인 발전이 이루어지는 의료사의 역사가 각종 자료와 함께 정리되어 있다. 순종 황제가 대한의원 개원시에 내린 「칙서」, 당시의 진료실과 진료 모습이 담긴 사진자료, 각종 의료기구와 약품들, 의사 자격증과 당시의 교과서 등의 유물을 통해 대한의원에서 현재의 서울대학교병원으로 이어지는 한국 근현대 국립병원의 발전사를 계통적으로 살펴볼 수 있다. 기획전시실에서는 6ㆍ25전쟁 60주년 기념 ‘의사들 삶과 죽음의 경계에 서다’(2010), ‘로봇전’(2011), ‘병원과 시간’(2014), ‘꿈, 일상, 추억’(2015), ‘출산, 의학이 되다’(2016), ‘장기이식, 나누어 살리는 꿈’(2017) 등 다양한 주제의 특별전을 연 1∼2회 열고 있다.