1956년 대한민국미술전람회(이하 국전 약칭) 분규를 계기로 “현대회화의 문제를 기본이념으로 삼고, 그 운동의 전위체로서 독자적인 생활을 하기 위하여” 조직되었다. 아울러 보수적인 관전을 견제하고 그를 통해 건전한 화단 풍토를 육성하려는 취지도 갖고 있었다.
국전 창립 이후 재야에서 활동하던 이규상(李揆祥), 박고석(朴古石), 유영국(劉永國), 황염수(黃廉秀), 한묵(韓默)에 의하여 1957년 1월 5일 결성되었다. 1957년 창립전을 연 이래 1960년 7월까지 총 6회의 협회전을 개최하였다. 이 기간 동안 정점식(鄭點植), 임완규(林完圭), 정규(鄭圭), 문신(文信), 김경(金耕), 천경자(千鏡子) 등이 가입해 활동했다. 1959년 현대작가초대전이 모던아트협회 회원 전체를 초대하자 참가여부를 두고 회원 간에 갈등이 불거지고 일부 회원이 탈퇴하는 위기를 맞기도 하였다. 한묵과 문신이 프랑스로 떠나고 김경과 이규상이 요절하는 등의 상황 변화로 인해 1960년 제6회전을 끝으로 더 이상의 활동은 이어지지 못했다. 그러나 1961년에 개최된 정규의 개인전에 모던아트협회가 후원단체로 기입된 사실은 회원들 사이의 동질감과 연대가 지속되었음을 보여준다.
1957년부터 1960년까지 총 6회의 협회전을 개최하였다. 제1회전은 1957년 4월 9∼15일에 동화화랑에서 열렸고 박고석, 이규상, 유영국, 한묵, 황염수의 작품이 출품되었다. 제2회전은 1957년 11월 16∼22일에 화신화랑에서 열렸고 박고석, 이규상, 유영국, 한묵, 황염수의 작품이 출품되었다. 제3회전은 1958년 6월 3∼9일에 화신화랑에서 열렸고 유영국, 문신, 이규상, 황염수, 정규, 박고석, 정점식, 한묵의 작품이 출품되었다. 제4회전은 1958년 11월 1∼8일에 동화화랑에서 열렸고 이규상, 정점식, 김경, 문식, 정규, 유영국, 박고석, 황염수, 한묵의 작품이 출품되었다. 제5회전은 1959년 12월 3∼9일에 국립도서관화랑에서 열렸고 황염수, 김경, 문식, 한묵, 정점식, 박고석, 이규상의 작품이 출품되었다. 마지막 제6회전은 1960년 7월 16∼25일에 국립도서관화랑에서 열렸고 임완규, 천경자, 이규상, 정규, 박고석, 정점식, 김경, 문신, 한묵의 작품이 출품되었다.
외면적으로는 체계를 갖추었지만 내면적으로는 여전히 질서나 방향이 모호했던 1950년대 화단에서 일제의 잔재를 청산하지 못한 국전에 대항하여 해방 이후 본격적으로 모던아트의 기치를 내걸고 활동함으로써 한국 화단에 불굴의 전위의식을 뿌리박고 재야적인 전투정신을 북돋우는 데 중요한 역할을 맡은 상징적인 집단이라는 평가를 받고 있다.