허준(許浚, 1539∼1615) 등이 지은 한의학에 대한 임상의학 백과사전으로서, 1610년(광해군 2)에 편찬을 완성하고 1613년(광해군 5)에 목활자인 내의원자로 간행한 책이다. 2012년 10월 12일에 충청북도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다.
허준이 왕명을 받아 1596년(선조 29)부터 정작(鄭碏) · 이명원(李命源) · 양예수(楊禮壽) · 김응탁(金應鐸) · 정예남(鄭禮男) 등과 함께 편찬하였는데, 정유재란으로 일시 중단되었다가 난이 끝난 뒤 허준이 다시 편찬을 계속하여 1610년(광해군 2) 25권 25책으로 정리하였다. 3년 뒤인 1613년(광해군 5)에 내의원에서 목활자인 내의원자(內醫院字)로 간행하였다.
3권 3책으로 된 내의원 목활자이다. 내의원이 내의원자로 의서를 간행한 것은 1608년(선조 41)부터 1615년(광해군 5) 사이다. 이때 별도로 국을 설치하고 의원들이 의서를 직접 편찬 · 교정 · 감수하여 목활자로 간행하였다.
판식은 사주쌍변이고, 반곽은 세로 26.5㎝, 가로 16.6㎝이다. 계선은 유계이고 한 페이지에 10항 21자, 주쌍항으로 되어 있다. 어미는 내향3엽화문어미를 가지고 있다.
이 책은 고 김두종(金斗鐘) 박사가 한독의약박물관에 기증한 국가유산으로 국립중앙도서관, 서울대학교 규장각 한국학연구원, 한국학중앙연구원 장서각에도 동일한 판본이 소장되어 있다. 이들 소장본들은 현재 보물로 지정되어 있고, 2009년 7월에는 유네스코 세계기록유산으로 등록되었다.
『동의보감』은 25권 25책이 완질본이다. 내용은 내과학인 내경편(內景篇), 외과학인 외형편(外形篇), 잡병편, 약방 관계의 탕액편(湯液篇), 침구편으로 되어 있다. 각 편마다 여러 항목이 있고, 또 각 항목마다 소제목들과 단방(單方), 침구법(針灸法) 등이 수록되어 있다. 이 책은 완질본이 아닌 3권 3책의 결본으로, 내경편 2권, 외형편 1권, 침구편 등 3권 3책만 포함하고 있다.
『동의보감』은 내용이 체계적으로 잘 짜여져 있고, 각 병마다 처방을 풀이한 체제 또한 잘 되어 있어 우리나라뿐만 아니라 중국과 일본에까지 그 가치를 인정받고 있다. 이 책은 비록 완질본은 아니지만, 조선시대 중기의 목판 인쇄 문화는 물론, 한의학 및 서지학의 연구에 활용될 수 있는 좋은 자료이다.