1998년 11월에 창립한 한국 최초의 독립영화 배급사이다. 창립 초기에 단편영화를 주로 배급하다가, 2000년 12월 「대학로에서 매춘하다가 토막살해당한 여고생 아직 대학로에 있다」를 장편영화로 처음 배급, 상영하였다. 극장만이 아니고 각종 국내외 영화제, TV, 인터넷, DVD, 모바일 등 다양한 매체를 통해 배급을 하고 있다. 2006년 「눈부신 하루」, 「8월의 일요일들」을 시작으로 제작에까지 활동 영역을 넓히고 있다.
상업영화와 블록버스터 영화, 외국영화 등에 의해 배급과 상영의 기회를 잃고 있는 국내 저예산, 독립영화의 배급을 통해 이들에게 상영의 기회를 제공하는 것과 동시에 지속적인 제작과 발전의 토대를 만들며, 아울러 대중들의 다양한 볼 권리를 보장하기 위해 설립되었다.
단편영화를 비롯하여 다큐멘터리, 저예산 영화 등 상업적인 면에서 배급이 어려운 독립영화를 국내외에 배급, 상영함으로써 제작자들의 제작 의욕과 역할을 제고하는 기능을 하고 있다. 극장에 국한되지 않고 TV나 인터넷, 모바일 등 다양한 매체를 활용한 배급은 상영의 기회와 동시에 제작자들의 제작비 회수와 지속적인 제작을 위한 토대 마련에 도움을 주고 있다. 또한 배급만이 아니라 직접 제작에 참여하고 지원을 하는 등 독립영화 활성화에 기여하고 있다.
상영관과 스크린 수가 멀티플렉스의 등장으로 증가했으나 다양한 영화를 볼 수 있는 기회는 그에 비례하여 늘어나지 않았다. 이러한 상황에서 많은 예산을 들이지 못하는 영화는 제작이나 배급, 상영이 어려워지고 관객들 또한 선택의 기회를 박탈당하는 결과를 낳았다. 인디스토리가 목표로 하는 것은 이같은 불균형을 시정하고 보다 튼튼한 한국영화의 토대를 만드는 것이다. 많은 어려움 속에 「워낭소리」(2009)의 흥행 성공은 이러한 노력이 맺은 결실이기도 했다. 해외에 한국의 독립영화를 소개하는 것도 관객층을 넓히는 일환이며, 한국 사회에 다양한 시각과 스타일의 영화를 제공하는 창구 역할은 참신하고 힘있는 한국영화의 출현을 기대하게 한다. 애니메이션 「돼지의 왕」(2012)은 칸을 비롯하여 해외 유수 영화제의 주목을 받았고, 「지슬」(2012) 또한 선댄스, 로테르담 영화제를 통해 해외 관객들에게 소개된 바 있으며, 안정적인 제작 및 배급 뿐 아니라 해외로 진출하는 가장 빠른 길과 우수한 외국영화를 소개하는 독립영화 플랫폼을 지향하고 있다.