2002년 경기도 유형문화재(현, 유형문화유산)로 지정되었다. 전체 높이 138.5㎝, 불상 높이 111㎝, 무릎 폭 78㎝, 대좌 높이 27.5㎝. 극락전에 목조아미타여래좌상과 함께 봉안되어 있는 관음보살상과 지장보살상은 근년에 제작된 것이다. 아미타상은 양손을 따로 제작한 다음 끼워 넣었고, 불상의 바닥에 원형의 복장 구멍이 남아 있다.
현등사 목조아미타여래좌상에 대한 기록은 후불도인 아미타회상도(阿彌陀會上圖) 화기에 “1759년에 아미타불을 개금하고, 미타회상도(彌陀會上圖) 1부를 조성하였다”라는 기록이 있어 목조여래좌상이 1759년 이전에 조성되었음을 알 수 있다.
목조아미타여래좌상은 높이 138.5㎝인 중대형 불상으로, 대의 안쪽에 편삼을 착용하고 결가부좌를 취하고 있다. 여래상은 머리와 신체의 비례는 알맞고 당당한 편이다. 불상의 측면을 보면 약간 뒤로 젖혀진 상체와 목을 앞으로 내밀고 있는 머리를 볼 수 있다. 머리는 장방형의 둥근 형태로, 작고 뾰족한 나발(螺髮) 사이로 원통형의 낮은 정상 계주(髻珠)와 반원형의 중앙 계주가 조각되어 있다. 상호(相好)는 원호를 그리는 눈썹과 미간(眉間) 사이에 살짝 돌출된 백호(白毫), 적당하게 뜬 눈, 콧방울과 콧구멍이 음각된 코, 폭이 넓은 인중, 꾹 다문 입, 큰 귀를 갖추고 있다. 목에는 삼도(三道)를 입체적으로 표현하였다.
수인(手印)은 아미타불의 설법인(說法印)을 결하고 있다. 즉 오른손을 어깨까지 들어 올려 손바닥을 앞으로 향한 채 엄지와 중지를 맞대고 있으며, 왼손도 엄지와 중지를 맞대고 있는데 손바닥은 위로 향하여 있다. 손은 통통한 편이나 손가락은 가늘고 길며 손톱이 표현되었다. 손바닥에는 ∦자 모양의 손금이 새겨져 있다.
목조아미타좌상은 대의(大衣)와 승각기(僧脚崎) 등을 입고 있다. 법의는 약간 두꺼운 편이지만 신체의 굴곡을 따라 유기적으로 표현되었다. 왼쪽과 오른쪽 무릎 앞에서 수평으로 가로 지른 두세 줄의 법의 주름을 제외하고는 왼쪽 발목을 감고 양다리 사이로 내려오는 법의 자락에서 볼 수 있듯이 꺾이거나 접혀지는 것이 매우 자연스럽다. 일반적으로 불상에서 볼 수 있는 승각기의 띠 위아래에 표현되는 접혀진 주름은 보이지 않지만, 띠를 묶음으로써 자연스럽게 돌출되는 복부를 사실적으로 표현하였다. 불상의 측면과 뒷면은 정면보다는 입체적이거나 활달하지 않지만 여러 곳에서 입체감을 부여하려는 시도가 보인다.
현등사 목조아미타여래좌상은 상체를 뒤로 젖히고 머리를 약간 앞으로 내민 모습이 특징이다. 또한 목을 감싸고 양쪽 가슴 앞으로 흘러내린 뾰족한 옷자락과 왼쪽 발목을 덮고 아래로 드리워진 법의 주름은 이 불상이 지닌 특징이다.
현등사 목조아미타여래좌상은 전체적인 비례와 얼굴 표정, 조형적인 특징, 법의 주름의 처리 방식 등에서 17세기 전반에 활동한 수연이나 그 계보 조각승이 제작한 것으로 추정되어 조선 후기 불교조각사 연구에 기준 작으로 활용할 수 있을 국가유산의 가치가 있다.