산업계에서 단기간에 실용화가 가능한 기술을 개발하고, 이를 통해 산업계의 기술 자립도를 높이는 것을 목적으로 한다.
과학기술처는 최초의 국가 연구 개발 사업인 ‘ 특정연구개발사업’을 1982년 시행한 이래로, 1986년에는 ‘목적 기초 연구 사업’, ‘국가 주도 연구 개발 사업’, ‘기업 주도 연구 개발 사업’을 병행 추진하고 있었다. 공업기반기술개발사업은 1986년 「공업 발전법」이 제정되고 ‘기업 주도 연구 개발 사업’을 상공부에 이관하면서 출범하였다.
산업계의 시급한 기술적 현안을 파악하고 문제를 해결하고자 시행된 이 사업은 산업계를 대상으로 공업 기술 수요 조사를 시행하고 이를 반영하는 상향식 과제 도출 방식을 따랐다.
상공부가 공업기반기술개발사업을 시행함에 따라, 과기처의 ‘특정연구개발사업’과의 역할 분담이 모색되었다. 과기처의 ‘특정연구개발사업’은 중장기 대형 기술 개발과 공공 복지 기술 개발을 위주로, 공업기반기술개발사업은 민간 기업에서 단기간에 실용화가 가능한 기술 개발을 위주로 역할이 개편되었다.
공업기반기술개발사업은 출범 이후 공통 애로 기술 개발 사업과 첨단 기술 기술 개발 사업으로 구분되어 시행되다가, 1993년 첨단 기술 분야 개발 사업의 HDTV와 차세대 기억 소자 개발 과제가 선도기술개발사업(G7 프로젝트)에 포함되면서 나머지는 기반 기술 개발 사업으로 분류되었다. 이를 거치면서 1994년 공업기반기술개발사업은 기반 기술 개발 사업, 그리고 선도기술개발사업의 일부 과제들을 포함하는 첨단 산업 기술 개발 사업을 두 축으로 운영되었다. 「공업 및 에너지 기술 개발 조성에 관한 법률」 제정과 함께 상공부는 ‘산업 기술 기반 조성 사업’을 추진하였고, 2008년 이후 지식경제부로의 부처 통합을 거치면서 사업 구조 개편이 거듭되었다.