한일합병 후 일본은 조선과 일본의 경제 통합을 위해 관세제도를 정비하고 일본의 관세 제도와 통일할 필요가 있다고 보았다. 이는 당시 조선의 관세제도가 합병 전에 각국과 맺은 조약에 기초하고 있었으며 관례에 따르거나 문서화되지 않은 경우가 많아 통일성이 없고 운용상의 불편함이 있었을 뿐 아니라 부과의 공평성을 기하기 어려웠기 때문이었다.
을사조약으로 사실상 조선을 지배하게 되자 일본 내에서는 양국 간의 관세를 철폐해야 한다는 요구가 있었다. 일본은 조선을 합병함으로써 조선이 열강과 맺은 조약을 무효화시켰지만, 열강의 요구 및 그들과의 관계를 고려하여 향후 10년간 종래의 관세제도를 유지하기로 대외적으로 선언하였다. 이는 열강과의 마찰을 피하기 위한 것이면서 동시에 관세 수입이 국고에서 차지하는 비중이 컸기 때문이었다.
그러나 경제적 통합을 위해 일본은 합병 당시의 선언에 저촉되지 않는 범위에서 1912년 1월에 「조선관세령」과 「조선관세정률령」을 제정하였다. 6개 조항으로 된 「조선관세령」은 일부 조항을 제외한 일본 관세법을 조선에 적용하였으며 일본 및 일본 지배 권역과의 이출입에 대해서는 수출입 관련 규정을 준용하였다. 「조선관세령」의 부속 법령인 「조선관세정률령」은 종래의 세율을 기초로 품목별로 소맥 등 8개 수출품에 대해서 5%의 관세를 부과하고 수입품에 대해서는 대체로 5~8%의 관세를 부과하였다.
1917년 1월에 관세 조사회가 설치되어 외국의 식민지 관세제도 및 정책과 조선의 산업, 민도, 재정 상태, 세율 등을 고찰한 후, 조선과 일본의 관세제도를 통일하고 두 지역 간의 관세를 완전 철폐하되 조선총독부의 세입을 고려하여 이입세를 당분간 존치한다는 방침을 정하였다. 이후 합병 당시 대외적으로 선언한 관세 거치 기간이 끝나는 1920년 8월에 「조선관세령」과 「조선관세정률령」을 폐지하고 일본 관세법과 「관세정률법」을 조선에 시행하였다. 조선총독부의 세입 부족을 이유로 이입세 폐지는 유보되었으나, 1923년부터 직물, 주정(酒酲), 주정 함유 음료를 제외한 모든 품목의 이입세가 철폐되었으며, 이 세 품목의 이입세도 1941년 3월에 모두 폐지되었다.