1994년 기념물로 지정되었다. 군산항이 개항된 것은 1899년(광무 3) 5월 1일인데, 개항과 더불어 조계(租界)조약이 체결되고 개항장이 설치되면서, 군산에는 옥구감리서 외에 일본목포영사관 군산분관이 설치되었고, 또한 경무서(警務署)와 해관(海關) 등이 설치되었다.
해관에서는 세관업무와 밀수출입행위를 방지하고 선박의 출입을 감시하는 역할까지 했었다. 당시 군산해관은 인천해관의 관할이었다. 1906년(광무 10) 인천해관 군산지사를 설립하고 청사 건립을 계획하였는데, 이 건물은 탁지부 건축소 산하 임시세관공사부의 계획에 의하여 1908년(융희 2) 6월 20일에 준공되었다.
서양풍의 디자인을 적용한 양풍건축으로서, 외관은 적벽돌을 주로 사용하였으며 입구나 박공부에 부분적으로 화강석을 사용하여 입면에 변화를 주었다. 전체적으로 입면과 평면은 대칭적 형태이다.
평면은 중앙의 현관을 들어서면 포와이에(foyer: 로비) 뒤로 내부 중심부에 커다란 홀이 있고, 홀 주위에는 실들이 거의 대칭적으로 배치되어 있다. 중앙 홀에는 벽난로가 시설되어 있었으며 천장고도 매우 높아 연회 등 공공 행사를 치루는 장소로 이용하였다.
이 건물의 특징은 지붕의 다양한 처리에 있다. 천연슬레이트와 동판으로 마감된 지붕은 우진각 형태와 박공지붕이 혼합된 모습이다. 전면 현관 상부는 완만한 곡선의 아치를 만들고 뒤쪽에 다시 박공벽을 구성하여 높은 지붕면과 박공면이 조화를 이루며 입구성을 강조하고 있다.
반면에 후면은 전면과 같이 좌우측 끝에 낮은 박공지붕을 만들었으나 그 옆에 돌출된 포치(porch: 건물 입구의 지붕이 있는 구조물)를 구성하였으며, 지붕 중앙부에는 벽난로 굴뚝이 올라와 있다. 전체적으로 대칭적 모습이고 내부는 많은 부분이 개조되었으나, 변화있고 아름다운 모습을 보이고 있다.
전라북도(현, 전북특별자치도) 기념물이였던 구군산세관본관은 2018년 8월 국가지정문화재(현, 국가지정문화유산) 사적으로 승격되었다.