본관은 의성(義城). 자는 시보(施普), 호는 와운자(臥雲子). 아버지는 참봉 김양진(金楊震)이다.
1576년(선조 9) 사마시에 합격하여 생원이 되고 이어 참봉을 거쳐, 1588년(선조 21) 식년 문과에 병과로 급제하고 문학을 역임하였다.
1595년(선조 28) 병조좌랑이 되고, 이어 선조 앞에서 『주역(周易)』을 강의하였다. 같은 해 헌납(獻納)·직강(直講)을 거쳐 이듬해 지평(持平)·겸사서(兼司書)를 역임하고, 전라도 광양·운봉에서 적을 무찌른 공으로 공적이 널리 세상에 알려지게 되었다.
1600년(선조 33) 전적(典籍)을 거쳐 강원도도사(江原道都事)·전라도도사 등을 역임하였다. 이황(李滉)의 문인 조목(趙穆)에게서 배웠는데 이황의 문하생들과도 교유하며 이황과 이이(李珥)의 학문을 발전시키는 데 많은 노력을 하였다.