한국불교태고종의 말사이다. 1306년(충렬왕 32)에 만항(萬恒)이 창건불사(創建佛事)를 시작하여 8년 만인 1314년(충숙왕 1)에 완성한 큰 절이다. 이곳에는 본디 한 암자가 있었는데 만항이 꿈에 평생 머무를만한 곳이라는 현몽을 얻은 뒤 창건하였다고 한다.
당시의 당우로는 법당 · 나한전 · 약사전 · 문수전 · 조사전(祖師殿) · 시왕전(十王殿) · 정루(正樓) · 승당(僧堂) · 선당(禪堂) · 서상실(西上室) · 만월당(滿月堂) 등이 있었으며, 1318년에 민지(閔漬)는 왕명에 의하여 보현사를 찬양하는 글을 지었으나 전해지지 않고 있다.
1692년(숙종 18)에 처능(處能)이 중창하였으나 화재로 전소되었다. 그 뒤 오랫동안 페허로 남아 있다가 1973년에 법당과 요사채를 지어 오늘에 이르고 있다.