1691년(숙종 17)에 이사상(李師相) 등의 남인계 유생들이 중심이 되어, 이곳에서 은거하며 만년을 보낸 이덕형(李德馨)과 조경(趙絅)의 학문과 덕행을 추모하기 위해 창건하여 위패를 모셨다.
남인 집권기인 숙종 18년(1692)에 ‘용연(龍淵)’이라는 사액을 받았으며, 경기도내 남인세력의 유력한 근거지로서 선현배향과 향촌교화의 일익을 담당하여왔다. 임진왜란 당시에 이덕형이 세운 공로가 인정되어, 1868년(고종 5) 대원군의 서원철폐시 훼철되지 않고 존속하였다.
당시의 경내건물로는 사우(祠宇) · 강당 · 동재(東齋) · 서재(西齋) 등이 있었으나 6 · 25전쟁 등으로 소실되어, 현재는 사우만 남아 있다. 사우에는 이덕형과 조경의 위패가 봉안되어 있다. 사우는 정면 3칸, 측면 2칸의 맞배지붕으로 된 목조기와로서 1972년에 보수하였다.
용연서원은 1976년 경기도 유형문화재로 지정되었으며, 매년 봄 · 가을에 향사를 지내고 있다.