높이 1,195.1m. 태백산맥의 고헌산(高獻山, 1,033m)에서 갈라져 경상남도와 경상북도의 경계를 이루는 성현산맥(省峴山脈) 중의 한 산으로, 동쪽으로는 가지산(加智山, 1,240m)·고헌산, 서쪽으로는 억산(億山, 944m)·구만산(九萬山, 785m)·부산(鳧山, 591m)·호암산(虎巖山, 612m)·화악산(華岳山, 932m)·천왕산(天王山, 619m) 등을 지나 비슬산괴(琵瑟山塊)와 연결된다.
지질은 풍화와 침식에 강한 규장암(珪長岩)으로 되어 있으며, 산세가 웅장하고 수림이 울창하여 등산코스로도 적합하다. 운문산의 북쪽 사면에는 운문사와 청신암(靑神庵)·내원암(內院庵)·북태암(北台庵)·사리암(邪離庵)과 같은 암자가 있다.
운문사는 608년(진평왕 30)에 신승(神僧)이 중건하였는데, 원래 작갑사(鵲岬寺)라 하였으나 고려태조가 운문선사(雲門禪寺)라고 사액되면서부터 운문사라 불렀다. 경내에는 보물로 지정된 금당 앞 석등·동호(銅壺)·석조여래좌상·원응국사비(圓應國師碑)·사천왕석주(四天王石柱)·삼층석탑 등의 문화재가 보존되어 있다.
절 입구의 만세루(萬歲樓) 옆에는 수령이 200년이 넘는 원반형의 반송(盤松)이 천연기념물로 지정되어 있으며, 이 밖에도 경내에는 100년이 넘는 노송과 잣나무의 숲이 울창하다. 운문면 대천리에서 동창천(東倉川)의 지류인 무적천(舞笛川)을 따라 운문사에 이르는 계곡이 특히 아름답다. 부속암자인 내원암에 약수탕이 있다.