높이 1,195.1m. 태백산맥의 고헌산(高獻山, 1,033m)에서 갈라져 경상남도와 경상북도의 경계를 이루는 성현산맥(省峴山脈) 중의 한 산으로, 동쪽으로는 가지산(加智山, 1,240m) · 고헌산, 서쪽으로는 억산(億山, 944m) · 구만산(九萬山, 785m) · 부산(鳧山, 591m) · 호암산(虎巖山, 612m) · 화악산(華岳山, 932m) · 천왕산(天王山, 619m) 등을 지나 비슬산괴(琵瑟山塊)와 연결된다.
지질은 풍화와 침식에 강한 규장암(珪長岩)으로 되어 있으며, 산세가 웅장하고 수림이 울창하여 등산코스로도 적합하다. 운문산의 북쪽 사면에는 운문사와 청신암(靑神庵) · 내원암(內院庵) · 북태암(北台庵) · 사리암(邪離庵)과 같은 암자가 있다.
운문사는 608년(진평왕 30)에 신승(神僧)이 중건하였는데, 원래 작갑사(鵲岬寺)라 하였으나 고려태조가 운문선사(雲門禪寺)라고 사액되면서부터 운문사라 불렀다. 경내에는 보물로 지정된 금당 앞 석등 · 동호(銅壺) · 석조여래좌상 · 원응국사비(圓應國師碑) · 사천왕석주(四天王石柱) · 삼층석탑 등의 문화유산이 보존되어 있다.
절 입구의 만세루(萬歲樓) 옆에는 수령이 200년이 넘는 원반형의 반송(盤松)이 천연기념물로 지정되어 있으며, 이 밖에도 경내에는 100년이 넘는 노송과 잣나무의 숲이 울창하다. 운문면 대천리에서 동창천(東倉川)의 지류인 무적천(舞笛川)을 따라 운문사에 이르는 계곡이 특히 아름답다. 부속암자인 내원암에 약수탕이 있다.