관세청이 개청 30주년을 기념하여 관세행정의 홍보와 교육의 장으로 활용하기 위해 세운 박물관이다. 세계화가 급속히 이루어지고 있는 현대에 관세 업무의 중요성과 필요성을 국민들에게 홍보하고, 개항 이후 관세 관련 유물을 보존하고 전시하여 국제교류와 관세의 역사를 조명할 수 있도록 하였다.
박물관은 5개의 테마별 전시 시설과 홍보실을 갖추고 1,500여 점의 관세 관련 유물 및 사료를 전시하고 있다. ‘환영의 장’에서 시작해 ‘역사의 장’, ‘이해의 장’, ‘정보의 장’, ‘국제의 장’ 순서로 관람할 수 있도록 테마별로 전시장의 흐름이 구성되어 있다. ‘환영의 장’은 관세 박물관 소개와 세관 변천사, 전국의 세관 위치도, 세관 청사 모형, 상징물 전시로 꾸며져 있고, ‘역사의 장’은 1800년대 이후 세관에서 사용되었던 각종 문서들과 세관원 복장, 관인(官印), 청인(廳印) 등 세관의 역사를 살펴볼 수 있도록 되어 있다. ‘이해의 장’에서는 관세청 조직의 변천사와 관세청 업무를 알아볼 수 있고, 국제통일 상품분류표인 HS(Harmonized System)품목분류에 대한 정보도 얻을 수 있다. ‘정보의 장’은 밀수입되는 마약류와 금괴, 다양한 밀수 방법이 소개되어 있고, 밀수를 막기 위한 감시정(모조품)과 각종 장비(실물 및 모조품)도 함께 전시되어 있으며 감시정과 각종 장비의 변천에 관한 기록물도 전시되어 있다. 또한 국제 거래가 금지되어 있는 멸종 위기 동식물도 전시되어 있다. ‘국제의 장’에서는 국제 교역과 세계 각국의 세관에 대한 정보가 제공되고 있다. 홍보실에서는 해상밀수 상황과 관세청 및 세관의 검거활동 등을 재현한 영상물을 상영하여 이해를 돕는다.