청심사 인법당의 주존불로 봉안되어 있는 목조여래좌상은 불신의 도금이 거의 벗겨져 검은 옻칠이 전면에 걸쳐 드러나 있다. 불상은 고개를 약간 앞으로 숙이고 결가부좌하여 고요히 선정에 잠긴 모습이다.
머리와 육계의 구분이 없는 반구형의 머리에는 흙으로 별도 제작한 나발을 촘촘히 부착하였으나, 탈락된 곳도 더러 있다. 머리의 중앙과 정상에는 조선 후기 불상에서 일반적으로 볼 수 있는 반원형의 중앙 계주와 낮은 원통형의 정상 계주를 표현하였다. 동그란 얼굴은 턱이 짧고 가운데를 약간 뾰족하게 처리하여 살이 오른 앳된 소년의 형상이다. 가늘고 긴 눈은 사바세계를 향했으며, 코는 짧고 코 뿌리에서 돌출된 특징이 있다. 인중은 짧고 입술은 얇으며 그 끝을 부드럽게 올려 자비의 미소를 만들었다. 귀는 귓바퀴와 귓불 모두 둥글게 처리하였고, 짧고 깊은 쇄기 모양의 상각(上脚)·하각(下脚)과 길게 늘어진 귓구멍을 가지고 있다. 목에는 적절한 간격을 유지하며 삼도를 또렷이 표현하였다. 이러한 얼굴 표현은 17세기 후반에 활동한 색난의 불상에서 많이 볼 수 있다.
불의(佛衣)는 이중으로 걸쳤으며, 목에는 좌우대칭으로 길쭉한 삼각형의 목깃 주름이 자리 잡았고 그 주위로 두 가닥의 주름이 복부로 흘러내렸다. 두 장의 불의는 복부에서 W형태로 교차하였고, 좌측면에는 높낮이를 두어 M자형으로 주름이 잡혀있으며 왼쪽 어깨로 넘긴 대의의 끝단은 큼직한 잎 형으로 마무리하였다. 노출된 가슴에는 수평으로 처리된 승각기의 끝단이 표현되었다. 결가부좌한 무릎은 폭이 좁고 높으며, 노출된 오른발의 발가락을 흘러내린 대의 자락이 살며시 감싼 형태이다. 양쪽 무릎 앞에는 넓은 띠모양의 ‘八’자 주름을 중심으로 몇 가닥의 사선 주름이 힘 있게 펼쳐져 있다. 수인은 양손을 무릎 위에 두고 엄지와 중지를 둥글게 맞댄 설법인으로, 오른손은 손등을 위로 하고 왼손은 손바닥을 위로 하여 변화를 주었다. 양손은 조선 후기 목조불상에서 보이듯 따로 제작하여 꽂았다.
이 불상의 얼굴은 전반적으로 귀여운 얼굴에 아담하고 단구적인 형태미를 보여 준다. 이러한 양식적 특징은 색난이 수조각승으로 조성한 강진 옥련사 목조석가여래좌상(1684년)이나 구례 천은사 목조석가여래좌상(1693년),일본 고려미술관 목조아미타삼존불감(1689년) 등과 양식적으로 상통한다. 불상의 조성과 관련된 기록이 발견되지 않았지만, 불상에서 보이는 이와 같은 특징들로 미루어 볼 때, 이 불상 역시 17세기 말 색난이나 그 계보 조각승에 의해 제작된 작품으로 판단된다.
청심사 목조여래좌상은 비록 도금이 박락되어 완전한 모습은 갖추고 있지 않지만, 아동적인 신체 비례나 간결하게 생략된 옷 주름의 표현, 귀엽고 소년적인 얼굴 표현, 머리와 구분없이 가파르게 올라가는 육계 선과 큼직한 정상 계주 등은 색난의 작품과 유사하다. 색난은 17세기 후반에서 18세기 전반에 전라도와 경상도를 중심으로 활동한 조각승으로 알려져 있는데, 비록 조성 발원문이 없어 조선 후기 불교조각의 기준 자료로는 활용할 수 없으나 조각승과 계보 연구에 중요한 불상이다.
또한 이 작품은 17세기 후반에서 18세기 전반으로 이어주는 지점에 있는 불상이다. 즉 이 불상을통해 17세기 후반의 건장한 형태에서 점차 왜소하고 아담한 형태로 변해가는 일련의 양식 변화 과정을 엿볼 수 있다.