1841년(헌종 7)에 권율(權慄)의 공덕을 기리기 위하여 세웠다. 권대긍(權大肯)과 이계조(李啓朝) 등의 발의와 영의정 조인영(趙寅永)의 건의에 의하여 임진왜란 때 행주대첩의 전승지인 행주산 중턱에 건립하였다.
본래 이 산성에는 승첩기념비가 서 있었는데, 이때에 와서 사묘(祠廟)와 함께 강당을 가진 서원 규모의 사우를 세우고 제전(祭田)을 마련하여 향사(享祀)를 치르게 하였다. 건립 직후 ‘기공사(紀功祠)’라고 현판을 사액하였다가 뒤에 ‘충장사’라고 개칭하였다.
국가유공인에 대한 보답과 충절을 드러낸다는 의미를 지니고 국가비용으로 건립한 것이었기 때문에 1871년(고종 8) 흥선대원군에 의한 서원 · 사우 일제훼철시에도 그 대상에서 제외시켜 존속하게 하였다. 6ㆍ25동란으로 소실된 것을 1970년에 재건하였다.