1624년(인조 2)에 향중 유림들이 조선시대의 문장가인 계음(溪陰) 조팽년(趙膨年, 1549∼1612)을 제향하기 위해 세운 사우로, 후에 서원으로 발전하였다. 1865년(고종 2)에 정조 때 성균관 교수를 지낸 조규운(趙奎運, 1725∼1800)을 추향하였다. 2004년 11월 1일에 강진군 향토문화유산으로 지정되었다.
서원은 원래 1624년 주봉산 아래에 위치한 기좌리 좌척마을 조평년의 유허지에 건립되었다. 1868년(고종 5)에 서원 철폐령에 의해 훼철되었다가 1971년에 현재의 위치로 옮겨 중건하였다.
조팽년은 선조의 명으로 암행어사가 되어 남해의 군영을 시찰한 후에, 당시 백의종군하던 이순신을 서용(敍用)할 것을 선조와 유성룡(柳成龍)에게 간언하였다. 이를 통하여 후에 이순신이 서용되는데 기여하였다.
전형적인 전학후묘의 형식으로 서원 중앙에 강당이 위치하고 솟을대문으로 된 내삼문 안쪽에 사우인 주봉사(冑峯祠)가 있는데, 조팽년과 조규운의 위패를 모시고 있다. 강당 앞에는 선조에게 올린 시, 이순신 장군에게 올린 시, 한석봉에게 쓴 글 등을 새긴 세 개의 비석이 있다. 향사일은 음력 3월 중정일이다.
주봉서원에 배향된 조팽년을 향사한 강진 사림들이 당시 이순신에 대해 가졌던 각별한 정회를 가늠해 볼 수 있다.