1899년 3월에 공포된 「의학교관제」에 따라, 내외 각종 의술을 가르치고 전달하기 위한 목적으로 설립되었다. 학부소관이며, 총리대신을 지낸 김홍집(金弘集)의 옛저택을 교사로 사용하였다.
교장 지석영(池錫永)과 교관 2명, 서기 2명을 두었다. 교과목은 동물·식물·화학·물리·해부·생리·약물·진단·외과·안과·위생·종두·부(婦)·영(嬰)·법의학·체조 등이었다.
3년제이며 입학자격은 중학교 졸업자로서 만20세 이상 30세 이하였다. 그러나 당시에는 중학교 졸업자가 거의 없었으므로 글[文]과 수[算]에 능한 자로서 특별시험을 거쳐 입학시키기도 했다.
정부에서는 이들 학생에게 의·식과 교과서 등을 국비로 지급하였으나, 의술을 천히 여기던 당시의 풍조로 인하여 지원자가 적었다. 이로 인해 개교 후 8년 동안에 졸업생 총수가 36명에 지나지 않았다.
1907년 「대한의원관제(大韓醫院官制)」에 따라 관립 경성의학교는 대한의원교육부가 되고, 그 해 11월에는 교사를 대한의원내로 이전하였다. 당시 원장은 일본인 사토(佐藤進)였고, 전임교관 7명, 학감 1명, 미국인 촉탁교사 1명이었으며, 1908년 1월에는 교육부를 의육부(醫育部)로 개칭하였다.
1909년 2월 「대한의원관제」의 개정에 따라 대한의원의육부 부속학교로 개편되었고, 1910년 1월에는 의학과(4년제)·약학과 (3년제)·산파과(2년제)·간호부과(2년제) 등이 설치되었다. 이 때 학생들은 관비급여를 받았고 졸업 후의 의무연한이 제정되었다.
국권상실과 함께 대한의원은 조선총독부의원으로 개칭되고, 부속 학교는 조선총독부의원 부속의학강습소로 개편되었다. 1914년 3월부터 졸업생에게 즉시 의사면허증을 주기로 확정되었으며, 1916년 4월에는 새로이 경성의학전문학교가 설립되어, 의학강습소는 폐지되고 재학생은 전문학교에 흡수되었다.